集合多种功能的转录调控数据库：hTFtarget，介绍及使用教程

2024-05-29 19:07:50

我们知道基因在表达的过程当中，收到很多因素的调控。其中转录因子对于基因的调控就是其中的一种方式。目前对于转录调控的研究，在高通量测序方面主要还是通过类似chip-seq这类的方式来进行研究。对于转录调控的预测主要也是看是否存在某一个转录因子的chip-seq数据库。目前已经有了很多转录因子调控的调控的数据库。比较经典的有：JASPAR、CHEA3等等。今天就来介绍一个新发表的转录因子调控数据库。

1. 内置数据介绍

之前我们在介绍ENCODE时候也介绍过，这个组织做了多种转录因子的chip-seq数据。另外还有一些其他作者可能做的新的转录因子的chip-seq数据储存于SRA数据库。所以作者就收集了这两个公共数据库当中的转录因子的chip-seq数据(569个转录因子)。在收集好数据之后，经过了常规的流程化分析之后，就得到所有转录因子调控的基因。基于上面分析的结果，进而构建了这个数据库。

2. 主要功能介绍

这个数据库不仅可以检索转录因子调控的基因，还可以检索某一个基因收到那些转录因子调控。另外也可以多个转录因子之间对那些基因存在共调控关系。功能还是比较丰富的。所以今天就来介绍一个这个新的数据库吧

2.1 转录因子调控基因查询

如果我们有目标转录因子，想要查看这个转录音主要调控那些基因的话，可以使用这个功能。在这个功能里面，我们可以直接浏览所有的转录因子，选择自己想要看的转录因子以及相对应做的结果的细胞系，

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