知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测
转录因子也称反式作用因子,在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用,已成为现在生物学研究领域的热点,其功能分析是重要的研究内容之一。因此我们可以通过转录因子注释,或者可通过表达量聚类分析,筛选出关注生物学问题过程中起主要调控作用的一些转录因子。并且可以结合WGCNA鉴定的基因模块,筛选关键转录因子在基因模块中是否为hub gene,并通过预测转录因子的靶基因(MEME),筛选出基因模块中的靶基因,建立以转录因子为hub gene的调控网络。
本篇文章给大家推荐2个网站,用于对动物、植物转录组因子(TF)、转录因子结合位点(TFBS)的预测。简单易学,任何你感兴趣的基因集,都可以用来预测 TF,也可以去预测它们的 TFBS。
什么是TF、TFBS? 转录因子(Transcription factor,TF)是在转录水平上参与基因表达调控的蛋白质。它们通过特异性的 DNA 结合结构域(DNA-binding domain,DBD)与 DNA 相互作用,根据 DBD 的结构特征可将转录因子分成不同的家族。与转录因子结合的 DNA 序列位点被称为转录因子结合位点(TFBS),TFBS 通常很短(6-20bp),并表现出一定的序列变异性。TFBS 的鉴定是理解转录调控的关键。
1-动物篇
可使用数据库 AnimalTFDB(3.0)对动物转录因子进行分析,数据库链接如下:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/
进入后,根据需求点击工具栏对应的位置,进入分析页面。
1.1 TF预测
点击导航栏的Predict TF按钮,即可打开TF预测页面。输入需要进行TF预测的蛋白序列文件(FASTA格式),点击submit,即可运行分析,分析结果可点击下载按钮进行下载。此处分析结果主要判断哪些基因可能是转录因子,整体运行时间较长。
1.2 TFBS预测
点击导航栏的Predict TFBS按钮,即可打开预测页面。输入需要进行TF预测的序列(基因序列,fasta格式)文件,点击submit,即可运行分析。运行结束后,右侧结果栏展示分析结果,可点击右下角Download下载结果。
2-植物篇
可使用数据库 PlantTFDB(5.0)对植物转录因子进行分析,数据库链接如下:http://plantregmap.gao-lab.org/index.php
进入页面后,根据需求点击工具栏对应的位置,进入需求页面。
2.1 TF预测
2.2 TFBS预测
PlantTFDB 数据库功能相对更齐全,除了可以进行TF、TFBS预测外,还具有Regulation prediction、GO enrichment、TF enrichment等功能,大家可以进入对应页面进行在线分析。
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