原文标题及链接:Assessing domain adaptation techniques for mitosis detection in multi-scanner breast cancer histopathology images

原文GitHub链接:https://github.com/scjjb/MIDOG_Domain_Adaptation

复现过程:【有丝分裂检测】MIDOG Domain Adaptation实现_TianleiShi的博客-CSDN博客

背景简介

  • 在诊断肿瘤分级过程中,病理学家手工计算活检或肿瘤切除标本中分裂细胞的数量(mitotic figures)。由于这一过程是主观的和耗时的,数据驱动的人工智能(AI)方法被开发来自动检测mitotic figures
  • 由于组织类型、染色标准以及用于数字化扫描设备的不统一,导致AI方法性能下降。领域适应方法已被广泛应用于各种应用中以缓解领域迁移问题
  • 领域适应算法:CycleGAN、Neural Style Transfer, using the MIDOG 2021 Challenge dataset
  • 检测算法:基于U-Net、RetinaNet的两种基线有丝分裂检测模型

领域适应方法通常旨在学习一种映射,以减少源数据分布和目标数据分布之间的差距。在计算机视觉问题的背景下,它们被用于提高基于图像的DL模型在推理过程中对不同领域数据的泛化。虽然卷积神经网络(CNNs)已被证明是解决大量视觉问题的强大工具,但它往往会过度拟合训练领域的数据,因此在推断过程中很难概括到目标领域。数字组织病理学的领域可能包括从组织染色过程、扫描仪特性或被扫描的组织学准备引入的变化。我们研究的领域适应方法集中于图像的视觉外观,获取一个内容图像和一个或多个样式图像,并创建内容图像的样式表示。

MIDOG2021挑战赛

  • 有丝分裂检测竞赛,MICCAI举办。
  • 200张训练图像,每张图片大小为组织切片感兴趣区域,尺寸大约为5k*5k pix
  • 染色标准相同:UMC Utrecht病理实验室制备得到
  • 扫描设备不同:50 each from Hamamatsu XR nanozoomer 2.0 (HXR), Hamamatsu S360 0.5 NA (HS360), Aperio ScanScope CS2 (ACS), and Leica GT450
  • 前150张由三位病理学家标注

数据分布特点

  • The scanners have different colour profiles, with ACS 深红, and HXR producing 蓝紫.

有丝分裂检测模型

1. U-Net

一种语义分割架构,它结合多层降采样生成一个多尺度特征映射。

  • 需要用于训练的分割掩码。通过将每个像素取为1(如果它在有丝分裂图像边界框内,则取为0)来生成。
  • 输出一个概率图,通过multi-step 过程,将其转换为边界框预测结果。如图2所示:

具体步骤:首先,通过对概率图应用阈值生成二进制图。然后通过选择外部轮廓从中提取目标

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