Linux里sra文件是什么,prefetch命令下载SRA文件
除了利用ascp命令从NCBI下载SRA文件外,SRAtoolkit也提供了prefetch命令用于下载SRA文件。
prefetch命令用法如下:
Usage:
prefetch [options] [...]
Download SRA or dbGaP files and their dependencies
prefetch [options] [...]
Check SRA file for missed dependencies and download them
prefetch --list [...]
List the content of a kart file
prefetch命令下载一个SRA文件:
prefetch SRR6232298
结果如下:
image.png
注意:如果安装了Aspera,prefetch会优先用ascp协议下载
2018-10-16T01:43:06 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
而SRA文件会默认下载在~/ncbi/public/sra 目录下
prefetch命令下载多个SRA文件:
1. 从NCBI网站下载SRA accession no.的列表文件
比如,这是一个Bioproject的相关信息页面:
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=DRP002849
在页面下面列出了所有相关SRA文件信息
image.png
点accession list,将下载得到的文本文件上传到服务器/home/Seqs目录
2. 从NCBI网站下载SRA accession no.的列表文件
运行命令:
prefetch --option-file Seqs/SRR_lists.txt
SRR_lists.txt就是刚刚从网站下载的accession list;运行结果:
image.png
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