生物信息学python常用脚本_生物信息工程师必备的编程语言清单

作为一名生物信息“工程师”，日常的工作环境是基于Unix的计算机集群，因此最常用的就是shell脚本。它可以简单的处理数据，再加上迷你语言sed和awk，也能满足日常需求了。

如果你满足于此，将会发现自己的代码维护不易，难以阅读和分享，这时候我们需要学习更专业的语言。R和python都是数据科学领域红火的编程语言，R本来就是由统计学家创建的，天生骄傲。python则是易上手的胶水语言，加上其扩展包pandas和scikit-learn等的加持，各行各业都有它的身影。建议都试试看，选择一个用得顺手的。

R的ggplot2和python的matplotlib各自赋予了两者强大的画图能力，绘制科研插图必不可少。有时候我们希望给图片加上交互的功能，这时候javascript就该出场了，掌握javascript语法及其常用库(如JQuery，boostrap和d3)，能够创建各类交互式应用。

有时候我们收集了大量的结果，想分享给整个领域，可以选择创建一个数据库，一个可行的技术栈就是前端使用javascript(包括boostrap，JQuery)，后端搭配python的django或者flask。不少发表的科研数据库文章都使用这种组合。

生物数据处理的经典软件，需要密集计算的或可视化交互的一般都由C++和Java开发，组学数据处理的包大部分都在bioconductor里，少数是python的模块。为了更好的交互体验，基于javascript的软件包也在不断推出，比如bio.js社区的成立，再比如HiGlass (http://higlass.io/) 可以流畅的在浏览器端可视化染色质交互矩阵 (使用d3.js)。

当然对大部分生信分析人员来说，编程语言只是工具和解决问题的手段之一，更重要的还是对生物学问题的理解。

生物信息学python常用脚本_生物信息工程师必备的编程语言清单相关推荐

生物信息学python常用脚本_生物信息学一些基本的常用软件有哪些？
7月28日更新 :原链接失效了,已经更新. 上次回答的时候基因课的视频教程还是个人兴趣,业余时间录的,免费放到网上. 今年辞职全职做这个事情了,所以收费.只有收费才能保证内容精良和持续输出.每门课程也 ...
python大数据运维常用脚本_大数据岗位要求之大数据运维
继续介绍大数据系列岗位要求,大数据运维可能是"技术含量最高"的职位之一,这里说的大数据运维主要是指hadoop生态体系方面的运维,在一些小公司或者传统行业的大公司也会使用oracl ...
如何用python写脚本_【按键教程】用python写脚本另附垫材24与变奏22的实现
该楼层疑似违规已被系统折叠隐藏此楼查看此楼二.脚本中需要些什么以PE10炮为例 #!/usr/bin/python #对mac/linux用户,可以点击脚本文件即运行 # -*- coding: ...
模拟生态圈_电源工程师必备求生技能——经典20种模拟电路
初级层次:是熟练记住这二十个电路,清楚这二十个电路的作用.只要是学习自动化.电子等电控类专业的人士都应该且能够记住这二十个基本模拟电路. 中级层次:是能分析这二十个电路中的关键元器件的作用,每个元器件 ...
python 常用包_七月在线—Python和数据分析Lesson 1
写在前面偶尔间看到朋友推荐这门课程,出于好奇打开看了一下课程目录,感觉对于想系统学习一下Python数据分析的朋友是不错的入门课程.于是也加入学习了一下. 目前看了第一课时,感觉很不错.附课程目录. ...
python sql脚本_使用Python SQL脚本进行数据采样
python sql脚本介绍 (Introduction) The Python programming language is object oriented, easy to use and, ...
python嵌入式脚本_基于Python的嵌入式脚本研究
基于Python的嵌入式脚本研究王国强;张贝克 [期刊名称]<计算机应用与软件> [年(卷),期]2010(027)003 [摘要]嵌入脚本语言到应用程序当中在用户自动化和个性化定制方面 ...
常用的python测试脚本_详解Python的单元测试
如果你听说过"测试驱动开发"(TDD:Test-Driven Development),单元测试就不陌生. 单元测试是用来对一个模块.一个函数或者一个类来进行正确性检验的测试工作. ...
python30个常用脚本_超实用的 30 段 Python 案例
Python是目前最流行的语言之一,它在数据科学.机器学习.web开发.脚本编写.自动化方面被许多人广泛使用. 它的简单和易用性造就了它如此流行的原因. 如果你正在阅读本文,那么你或多或少已经使用过P ...
软件测试python测试步骤_软件测试员必备基础：3分钟带你入门自动化测试！
目前自动化测试并不属于新鲜的事物,或者说自动化测试的各种方法论已经层出不穷,但是,能够明白自动化测试并很好落地实施的团队还不是非常多,我们接下来用通俗的方式来介绍自动化测试-- 首先我们从招聘岗位需求 ...

生物信息学python常用脚本_生物信息工程师必备的编程语言清单

生物信息学python常用脚本_生物信息工程师必备的编程语言清单相关推荐

最新文章

热门文章