SnapGene快速入门,界面及常用操作教程
SnapGene是一款功能强大的日常分子生物学工具,旨在为用户提供完善的计划,可视化和记录您的日常分子生物学程序的解决方案。拥有友好的用户界面,可以方便,全面地记录我们经常生成的所有结构。可在SnapGene中完成所有克隆,并且优化改善你的策略,快速创建质粒图谱,并提供优雅,信息丰富的窗口,用于模拟各种常见的克隆和PCR方法。它节省了大量的时间和金钱,容易操作的可视化和模拟,提前预测可能发生的错误,并提醒用户进行改善,整个过程中,每一个操作都会自动记录,这样的话,用户可以清楚准确的看到你所有的操作内容,并可以通过.dna文件与同事共享丰富的带注释的地图和序列。
01
界面介绍
菜单栏
File:打开、建立、保存相关文件等;
Edit:编辑功能,包括复制选中一些序列等;
View:切换几个视图等;
Enzymes:显示、选择酶切位点等;
Feature:显示、注释(命名)一些片段等;Primers:添加引物等;
Actions:进行模拟PCR、无缝克隆等;
Tools:含有序列比对等工具;
Window:窗口操作;
Help:提供帮助文件、版本号等信息。
图1 pCAMBIA35S-4×Myc-MCS-3×FLAG植物表达质粒
Map视图下侧边栏
从上到下依次为:
Show enzymes:可设置限制酶的筛选条件,从而找出unique酶;
Show features:显示片段的标注;
Show primers:显示引物;
Show translations:显示翻译后的序列;
Show colors:显示自定义序列颜色(默认序列为黑色);
Show features on the DNA line:改变feature的显示位置;
Show feature labels:是否显示feature的命名;
Show locations:是否显示酶切位点的位置;
Show horiziontal map:是否将质粒以线性方式显示;
Show alignments:显示序列比对。
图2 SnapGene Map视图下侧边栏
Sequence视图下侧边栏
从上到下依次为(仅说明独特选项):
Show a minimap:在顶部显示feature;
Use compact format:仅显示文字序列;
Use 3-letter amino acid codes:氨基酸缩写转换;
Use horiziontal scrolling:单行、多行显示转换。
图3 SnapGene Sequence视图下侧边栏
02
查看质粒
查看质粒的方式有两种:
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