前言

本人的科研工作主要是基于基因相互作用网络开展的，所以对于网络可视化与网络的拓扑分析是十分必要的，这里主要介绍Cytoscape软件的使用，在这方面功能很全面和方便。

一、Cytoscape软件下载和安装

1.进入下载官网（https://cytoscape.org/download.html）直接下载即可；

2.下载后直接双击安装，该软件需要JAVA运行环境，如果需要会提示下载，直接点击Download，等待下载完毕即可；

3.按以下步骤依次点next，一直到finish安装完成

二、可视化

1.双击打开Cytoscape软件；

2.导入网络的数据文件。依次选择File–>Import–>Network from File…。（这里以一个简单的网络为例）文件格式如下图：

3.选择每一列的属性，如下图：

4.点击OK，完成导入，可以看到网络的可视化图和基本信息，如图：

三、其他的功能

1.可视化图形的美化

进入Style模块，这里可以对图中的节点，边或者整个网络进行颜色，形状等方面的调整，让图更加的美观。

2.节点属性分析

选择Tools–>NetworkAnalyzer–>Network Analysis–>Analyze Network…

2.图的合并

选择Tools–>Merge–>Nerworks…

3.子图导出

1.选择导出子图的节点，点击右边第一个图标，完成导出

2.导出网络的所有连通子图
选择Tools–>NetworkAnalyzer–>Subnetwork Creation–>Extracted Connected Component…

4.拓扑分析

选择Tools–>NetworkAnalyzer–>Network Analysis–>Analyze Network…后选择有向图/无向图

Cytoscape软件的功能是比较强大的，值得学习功能有很多，本人也还在学习中，这里只介绍了基本常用的功能，后面有时间也会做补充，欢迎同学们一起交流~

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