JCVI安装以及数据下载（用于共线性分析）

JCVI安装以及数据下载（MCScan）

安装

最简单的方法是通过PyPI安装它：

pip install jcvi#或者安装开发版本
pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

或者，如果要手动安装：

git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
pip install -e .

还有一些依赖包安装方法移步官网

数据下载

接下来重点说一下安装完成之后的使用，

1、下载测试数据
下载数据可以从Phytozome官方直接下载，
当然也有另外一种方法就是直接在服务器操作下载，相比而言第二种省去了下载上传的时间，可以直接放到后台运行：

python -m jcvi.apps.fetch phytozome
#输入第一行命令之后会弹出，只需输入自己注册过的Phyzome账号密码即可
Phytozome Login: xxxxxxxx
Phytozome Password:

如果没有登录名，在此处注册一个。
登录成功之后会自动弹出

Usage: fetch.py phytozome speciesRetrieve genomes and annotations from phytozome using Globus API. Availablespecies listed below. Use comma to give a list of species to download. Forexample:$ fetch.py phytozome Athaliana,Vvinifera,Osativa,Sbicolor,SlycopersicumThe downloader will prompt you to enter Phytozome user name and passwordduring downloading. Please register for a login at:https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html.ZmaysPH207                      ZmaysZmarina                  VviniferaVcarteri                  TpratenseTcacao                   SviridisStuberosum                  SpurpureaSpolyrhiza            SmoellendorffiiSlycopersicum                   SitalicaSfallax                   SbicolorRcommunis                  PvulgarisPvirgatum               PtrichocarpaPpersica                    PpatensPhallii                  OthomaeumOsativaKitaake                    OsativaOlucimarinus                MtruncatulaMspRCC299           MpusillaCCMP1545Mpolymorpha                  MguttatusMesculenta                 MdomesticaMacuminata             LusitatissimumKlaxiflora              KfedtschenkoiGraimondii                       GmaxFvesca               EsalsugineumEgrandis                    DsalinaDcarota        CsubellipsoideaC169Csinensis                   CsativusCrubella               CreinhardtiiCpapaya               CgrandifloraCclementina                   BstrictaBstacei                  BrapaFPscBoleraceacapitata                BdistachyonAtrichopoda                  AthalianaAlyrata           AhypochondriacusAhalleri                   AcomosusAcoerulea      Vunguiculata_469_v1.1Tintermedium_503_v2.1         Taestivum_296_v2.2Sviridis_500_v2.1       SbicolorRio_468_v2.1Pvirgatum_450_v4.1      Pumbilicalis_456_v1.5Ptrichocarpa_444_v3.1           Phallii_495_v3.1PhalliiHAL_496_v2.1    PdeltoidesWV94_445_v2.1Oeuropaea_451_v1.0         Msinensis_497_v7.1Lsativa_467_v5            Hvulgare_462_r1Hannuus_494_r1.2         Ghirsutum_458_v1.1Czofingiensis_461_v5.2.3.2           Cquinoa_392_v1.0Carietinum_492_v1.0       Bsylvaticum_490_v1.1Bhybridum_463_v1.1 BdistachyonBd21_3_460_v1.1Bbraunii_502_v2.1    Athaliana_447_Araport11Aofficinalis_498_V1.1      Aoccidentale_449_v0.9Ahypochondriacus_459_v2.1Options:-h, --help            Show this help message and exit--version=VERSION     Phytozome version, must be one of9|10|11|12|12_unrestricted|13 [default: 12]--assembly            Download assembly [default: False]--format              Format to CDS and BED for synteny inference [default:False]--downloader=DOWNLOADERUse the specified downloader to retrieve resources,must be one of curl|insecure|powershell|wget [default:guess]JCVI utility libraries v1.0.12 [Copyright (c) 2010-2021, Haibao Tang]

如果要下载可直接输入上面的名称，
eg：我需要下载Zmays和Zmarina只需要输入

python -m jcvi.apps.fetch phytozome Zmays,Zmarina

非常方便的下载共线性分析需要用到的数据，而不需要你在官网自己查找！！

参考

https://github.com/tanghaibao/jcvi

JCVI安装以及数据下载（用于共线性分析）相关推荐

物种内共线性分析——JCVI安装以及数据下载（一）
物种内共线性分析步骤--JCVI安装以及数据下载(一) 安装最简单的方法是通过PyPI安装它: pip install jcvi #或者安装开发版本 pip install git+git://gi ...
ICESat-2数据下载及处理分析随笔
ICESat-2数据下载及处理分析随笔 ICESat-2全称是Ice,Cloud and land Elevation Satellite -2.看名字我们能知道它的任务是测ice,cloud和lan ...
气象海洋数据下载——ERA5再分析——CDS-python
1. 欧洲中期天气预报中新ERA5再分析数据简介下载网址 ERA5是一种综合性的再分析数据,ECMWF的Integrated Forecast System (IFS)的4D-Var data as ...
SOD地震数据下载demo详细分析
eventArm Ingredient Listing of eventArm <?xml version="1.0"?> <!-- ************** ...
linux ftp下载geo,高通量数据下载还能这样操作?
本文属于转录组入门系列(RAN-seq基础入门传送门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html)第2部分内容,以一篇Nature文章为例,详细解读如 ...
「nature protocols」组学数据的通路富集分析和可视化: g:Profiler, GSEA, Cytoscape 和 EnrichmentMap...
nature protocols上发了一篇文章,题目为"Pathway enrichment analysis and visualization of omics data using g ...
第四次考核 Jimmy 学徒考核 Linux安装软件 rnaseq上游分析-2 ascp kingfisher数据下载ena Linux高速下载 Linux下载网页内容
1 第四次考核 Jimmy 学徒考核 Linux安装软件 rnaseq上游分析_YoungLeelight的博客-CSDN博客 01-rna-seq从头开始卖萌哥 Linux生信技能树Linux安装 ...
新手必看！EEGLAB工具包下载、安装及数据导入教程
EEGLAB是一款免费.开源的且应用最广泛EEG数据处理和分析工具包,我们公众号曾推送过一篇推文,对目前常用的EEG/MEG数据处理工具包进行了总结(<EEG信号处理与分析常用工具包介绍> ...
BT通信中数据下载的分析和实现
2009-08-21 14:36 BT通信中数据下载的分析和实现关键字: Redeployment zlib 单态 AOP LightboxBT通信技术作为一种优秀的P2P下载技术,在目前的文件共享 ...

JCVI安装以及数据下载（用于共线性分析）

JCVI安装以及数据下载（MCScan）

安装

数据下载

参考

JCVI安装以及数据下载（用于共线性分析）相关推荐

最新文章

热门文章