我试图从UniProt获得一些结果,这是一个蛋白质数据库(细节并不重要).我正在尝试使用一种从一种ID转换为另一种ID的脚本.我能够在浏览器上手动执行此操作,但无法在

Python中执行此操作.

在http://www.uniprot.org/faq/28中有一些示例脚本.我尝试了Perl,它似乎工作,所以问题是我的Python尝试. (工作)脚本是:

## tool_example.pl ##

use strict;

use warnings;

use LWP::UserAgent;

my $base = 'http://www.uniprot.org';

my $tool = 'mapping';

my $params = {

from => 'ACC', to => 'P_REFSEQ_AC', format => 'tab',

query => 'P13368 P20806 Q9UM73 P97793 Q17192'

};

my $agent = LWP::UserAgent->new;

push @{$agent->requests_redirectable}, 'POST';

print STDERR "Submitting...\n";

my $response = $agent->post("$base/$tool/", $params);

while (my $wait = $response->header('Retry-After')) {

print STDERR "Waiting ($wait)...\n";

sleep $wait;

print STDERR "Checking...\n";

$response = $agent->get($response->base);

}

$response->is_success ?

print $response->content :

die 'Failed, got ' . $response->status_line .

' for ' . $response->request->uri . "\n";

我的问题是:

1)你会如何在Python中做到这一点?

2)我能够大规模“缩放”那个(即在查询字段中使用大量条目)吗?

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