无代码绘制基因表达箱线图

给定一个基因表达矩阵和样本分组信息，如何绘制样品整体表达箱线图、单个或多个基因表达箱线图。

获取示例数据

我们从中截取前面4行作为演示例子。

利用工具Wide to Long把表达矩阵转换为长表格

把数据表粘贴到http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27OA%3D%3D%27的文本输入处，点击Check data，确认数据无误，点击Submit获得结果，下载下来，为文件bd3ebbe9-935d-4629-82bd-6d134c2aa386.WideToLong.txt。

文件内容如下：

利用工具Merge Matrixes合并表达信息和样本表

把上一步获得的长矩阵和最开始的sampleFile粘贴到http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27NQ%3D%3D%27的2个文本域（顺序没有关系），点击Check data，确认数据无误；

选择共有的列用于合并，如矩阵1的variable列（这个名字是上一步默认生成的，可以修改）和矩阵2的Samp列。图中标黄的为我们修改过的参数。

获得文件 40e4af19-206e-4f64-b21b-d0e78936fee1.matrix_combined.txt，文件内容如下：

绘制样本整体表达箱线图

把上一步获得的文件粘贴到箱线图绘制工具http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27MQ%3D%3D%27，点击Check data，确认数据无误；

选择variable列，也就是样本名字列，作为X-axis variable；
选择value列, 也就是表达数据列，作为Y-axis variable；
选择conditions列，也就是样本分组信息列，作为Legend variable，默认通过这一列上色作为图例。

点击Submit，就可以获得绘制的图（png，pdf）格式和对应的代码。

除了看整体，连上单个基因查看下，增加一个参数Group variable for lining points，设置为id列，也就是基因名字列。

绘制单个/多个基因表达小提琴图

数据无需变动

选择id列，也就是基因名字列，作为X-axis variable；
选择value列, 也就是表达数据列，作为Y-axis variable；
选择conditions列，也就是样本分组信息列，作为Legend variable，默认通过这一列上色作为图例。

在Layout and colors面板下，设置:

设置Plot type为Violin plot;

绘制单个基因表达小提琴图

数据无需变动

选择id列，也就是基因名字列，作为X-axis variable；
选择value列, 也就是表达数据列，作为Y-axis variable；
选择conditions列，也就是样本分组信息列，作为Legend variable，默认通过这一列上色作为图例。

设置variable order

X-axis variable order为ENSG00000109906，默认带筛选功能，只选择这一个基因绘制；
设置Legend variable order为untrt,trt，对照在前，处理在后。

增加统计标记

通过预设的颜色集修改颜色

直接选择多个颜色进行上色

这两种修改颜色的方法是互斥的，一次只能用一种，一次也只能用一种。

绘制单个/多个基因表达小提琴图(分面)

数据无需变动

选择conditions列，也就是样本分组信息列，作为X-axis variable；
选择value列, 也就是表达数据列，作为Y-axis variable；
选择conditions列，也就是样本分组信息列，作为Legend variable，默认通过这一列上色作为图例。

在Layout and colors面板下，设置

设置Plot type为Violin plot;
设置Facet variable为id列，也就是基因名字列，按基因名分面显示。

测试数据获取：https://gitee.com/ct5869/bic

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