Alpha多样性之箱线图绘制

Alpha多样性

通常用Richness,Chao1，Shannon，Simpson，Dominance和Equitability等指数来评估样本的物种多样性。

所以这个节学习主要分两个部分；

## 1 计算 α生物多样性指数

软件： R软件中vegan包

## 1 第一步输入数据整理成矩阵
>data = read.table(inputFile, header = T, sep = "\t", row.names = 1)
>head(data)sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7sample1 3 6 1 2 1 0 0sample2 8 0 30 0 0 0 0sample3 0 1 0 2 0 1 3### 2 基于最小值进行重抽样标准,如果16数据通过single_rarefaction.py进行标化
>dataR = rrarefy(data,min(rowSums(data)))### 计算各Alpha多样性指数
>library(vegan)#计算Shannon-Wiener指数
>Shannon.wiener = diversity(dataR, "shannon")#计算Simpson指数
>Simpson = diversity(divdata,"simpson") #计算Inverse Simpson指数
>Inverse.Simpson = diversity(dataR, index = "inv")#计算物种累计数
>S = specnumber(dataR)#计算Pielou均匀度指数
>J = Shannon.Wiener / log(S)#计算chao1, ACE
>ca = data.frame(estimateR(dataR))#数据保存,将上述数据保存为.csv文件
>write.csv(Shannon, "$yourpath")##Simpson指数值越大，说明群落多样性越高；Shannon指数越大，说明群落多样性越高
##Chao1值越大代表物种总数越多

以上是计算每个样品的alpha 多样性指数（即每个样品的sp的分布情况）

由于单个样品的多样性指数是不可以绘制箱线图，所以引入分组的概念；

Sample    Group
sample1    A
sample2    A
sample3    B
sample4    B
sample5    C
sample6    C

## 2 根据上一步的数据以及分组信息，绘制箱线图

软件： R, ggplot2

以绘制Shannon箱线图为例子

## 1 输入数据整理成矩阵
>head(dataforDraw)
samples    shannon    groups
sample1    4.3    A
sample2    4.1    A
sample3    3.2    B## 2 ggplot2 绘制box图
>p <- ggplot(dataforDraw, aes(x=groups, y=shannon),color=groups) + geom_boxplot(aes(fill=factor(groups))) +theme(axis.text.x=element_text(angle=50,hjust=0.5, vjust=0.5))
>p

箱线图说明：从下到上展示的是最小值，第一四分位数 (箱子的下边线)、中位数 (箱子中间的线)、第三四分位数 (箱子上边线)、最大值，两端延长线外的数据为异常值

以上画图的有两点没有详细讲解，但需要注意：

① 输入数据的格式的整理（需要R 数据处理的基础）

②图形的美化

PS：读入数据并转换为ggplot2需要的长数据表格式，melt格式是ggplot2画图最喜欢的格式

继续努力

Alpha多样性之箱线图绘制相关推荐

Alpha多样性之箱线图解读
迷惘的黑夜中找寻一盏灯 Alpha多样性之箱线图的解读以下内容转载: 扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性,老板再也不操心的我文献阅读了图中元素解释 Y轴标签Estimaated specie ...
openpyxl 绘制饼形图_好享学丨快速上手Pythonmatplotlib 箱线图绘制，学术人必备
好享学是高下制图推出的关于数据可视化经验分享栏目,我们将定期与您分享各界优秀人士的制图经验,一同学习. 01. 引言箱线图(Boxplot) 是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图表,本期推文 ...
211.Alpha多样性箱线图(样章，11图2视频)
<微生物组数据分析与可视化实战>专著众筹编写<微生物组数据分析与可视化实战>--成为宏基因组学百科全书的创始人(目录) 编者序:初衷.计划.要求.优势.目标和展望本文为样章 ...
扩增子统计绘图1箱线图：Alpha多样性
本网对Markdown排版支持较差,对格式不满意的用户请跳转至或"宏基因组"公众号阅读: 写在前面优秀的作品都有三部分曲,如骇客帝国.教父.指环王等. 扩增子系列课程也分为三部 ...
无代码绘制基因表达箱线图
给定一个基因表达矩阵和样本分组信息,如何绘制样品整体表达箱线图.单个或多个基因表达箱线图. 获取示例数据我们从中截取前面4行作为演示例子. 利用工具Wide to Long把表达矩阵转换为长表格把 ...
python 箱线图的绘制方法
箱线图的含义如下图所示,箱线图,矩形部分称为箱体,箱体中的线代表中位数: data = [......], 按照顺序排好: -- 以下数的求法,可以参考numpy: 然后中位数:m = data. ...
利用R语言实现箱线图的绘制与美化（正态分布随机数生成、显著性检验、误差线添加、图例、背景更改）
问题:按照正态分布随机生成A(平均值= 50,sd = 3),B(平均值= 45,sd = 2),C(平均值= 40,sd = 5)和D(平均值= 52)作为4种甜瓜的产量数据 ,sd = 2),并绘 ...
宏基因组扩增子3统计绘图：中文首发,最详系,零基础(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、韦恩图、三元图、网络图)
本网内容首发"宏基因组"公众号,更佳阅读体验.更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号阅读注:文为蓝色字均为文章链接,可点击直达写在前面优秀的作品都有三部分曲,如骇客帝国.教父.指 ...
r语言echarts画箱线图_R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
箱线图箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布,又很漂亮的展示图.在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具.就这样都 ...

Alpha多样性之箱线图绘制

Alpha多样性之箱线图绘制相关推荐

最新文章

热门文章