Genome Research封面文章|张勇课题组开发方法绘制胚胎发育早期转录因子结合位点图谱...
合子基因组激活(ZGA)是早期胚胎发育过程中最重要的生物学事件之一,转录因子在这一过程中具有重要的作用,绘制转录因子的全基因组结合位点图谱对于揭示其调控ZGA的机制具有重要意义。目前用于检测转录因子结合位点的技术主要依赖于高质量的特异性抗体,在已有的研究中仅有少数转录因子在ZGA时期的结合情况是已知的。
2022年2月,同济大学生命科学与技术学院张勇教授课题组题在Genome Research期刊上发表了封面文章“Antibody-free profiling of transcription factor occupancy during early embryogenesis by FitCUT&RUN”。该工作首先通过引入转录因子-rFc的融合表达,建立了不依赖于特异性抗体的绘制转录因子结合位点图谱的方法FitCUT&RUN。该工作在K562细胞中验证了FitCUT&RUN的有效性和可靠性,且相较于CUT&RUN、FLAG-CUT&RUN、ChIP-seq具有更高的检测灵敏度,适合于胚胎发育早期的研究。
Nanog参与调控斑马鱼ZGA过程中染色质开放区域的建立并影响部分基因的转录激活。该工作在斑马鱼ZGA过程中产生了时序性的Nanog FitCUT&RUN数据,并按照Nanog结合的时间将其结合位点分为pre-MBT时期出现、MBT时期新出现和post-MBT时期新出现三类。在pre-MBT时期出现的结合位点的靶基因倾向于在ZGA期间达到最高的转录水平,而MBT时期新出现或post-MBT时期新出现的结合位点的靶基因在ZGA之后的胚层分化过程中具有更高的转录水平。该工作的结果表明,在ZGA主要阶段之前,Nanog在基因调控区域的结合与相当一部分早期转录基因的激活密切相关。
张勇教授和刘桂芬副研究员为这项研究的通讯作者,博士生王湘秀、王文为共同第一作者,博士生王益曼、硕士生陈佳参与了这项工作。封面由同济大学生物信息学专业校友陈一情绘制。
原文链接:https://genome.cshlp.org/content/32/2/378
排版:BioArt
往期精品(点击图片直达文字对应教程)
机器学习
后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集
Genome Research封面文章|张勇课题组开发方法绘制胚胎发育早期转录因子结合位点图谱...相关推荐
- 易基因 | 文献速递:RRBS方法绘制1538例乳腺癌甲基化图谱并预测癌症发生/预后
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 错过RRBS技术在人和小鼠疾病表观遗传特征研究的可点:Mol Biol Evol | 利用RRBS技术多维度分析人和小鼠的疾病表观遗传特 ...
- 小型团队快速开发方法
小型团队快速开发方法 Jay 这篇文章写的时候,正处于我探索小型团队快速开发方法的初期,虽然看了不少资料,但终究没有真正把文章中的开发方法真正实现过.因此,本文是我对小型团队快速开发方法的计划,并没 ...
- Genome Research | TransBorrow:通过借用不同拼接工具的拼接结果来引导完成转录组拼接
今天给大家介绍的是山东大学(威海)柳军涛课题组和沙特阿卜杜拉国王科技大学(KAUST)高欣教授课题组(http://sfb.kaust.edu.sa)发表在Genome Research的一篇文章,& ...
- NBT封面文章:水稻根系微生物组与氮肥利用效率关系(端午水稻专题)
文章目录 中科院遗传发育所揭示籼粳稻根系微生物组与氮肥利用效率关系 评论 Reference 作者简介 白洋 储成才 张婧赢 刘永鑫 张娜 猜你喜欢 写在后面 今天端午节,祝大家节日快乐! 大家每年端 ...
- Genome Research | 呼吸疾病国家重点实验室华大研究院合作解析新冠轻重症患者血浆cfRNA特征谱...
2022年1月21日,广州医科大学呼吸疾病国家重点实验室赵金存教授团队与深圳华大生命科学研究院(下简称"华大研究院")联合科研团队在国际著名学术杂志Genome Research ...
- 解析精益产品开发(一)—— 看板开发方法
看板(Kanban)开发方法是近年来最热门的敏捷和精益开发方法.越来越多的案例表明,它能够改善协作.优化管理,显著提高交付速度.质量和灵活性.看板开发方法的规则简单,但其有效实施依赖于对原理的理解.对 ...
- 手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表
文章简介 图表解读与绘制 1. 水稻根系微生物随时间变化吗? 2. 微生物组随时间变化的规律 3. 哪些菌门随时间呈现规律变化呢? 4. 哪些菌可以作为生育时间的biomarkers? 猜你喜欢 写在 ...
- 中国科学封面文章:水稻田间全生育期根系微生物组的变化规律
文章简介 人类体内和植物根系都存在着数量庞大种类繁多的微生物群落(微生物组).肠道微生物组随人类年龄的演化规律关系到人们的健康.与之类似,植物根系微生物组随植物生长的变化规律对植物健康也非常重要,与农 ...
- 本科生顶刊发封面文章!他,是能成就导师的学生
点击上方"视学算法",选择加"星标"或"置顶" 重磅干货,第一时间送达 本文来源:募格学术,中国青年报 近日,南方科技大学本科生柳皓宇为第一 ...
最新文章
- python字典高级用法_Python 进阶编程之字典的高级用法
- 机器学习与数学分析(二)
- 机器学习算法-Adaboost
- 物联网的十大基本功能和形态四种
- fatal error LNK _X
- 计算机网络有线电视网和电话网区别,计算机网络习题答案
- android 安装在笔记本,笔记本安装安卓系统图解_笔记本电脑如何安装安卓系统-win7之家...
- 15、react 的 非受控组件 和 受控组件
- supervisor前端-cesi的安装
- 深信服校园招聘c/c++软件开发A卷
- 单片机输入和输出模式简要说明
- 计算机应用计术,计算机应用技术.ppt
- centos 批量替换文件内容
- 个人支付宝/微信/云闪付收款技术总览
- Java 这一年都经历了什么?
- 字符串中的截取,分割,转换方法
- 三维匹配_三维GIS数据融合的基本方法与进展
- 有偏估计 无偏估计matlab,有偏估计和无偏估计
- 抖音商城小程序搭建的注意事项
- SICK LMS111激光雷达的使用
热门文章
- 作者:姚前(1970-),男,中国人民银行征信中心副主任、高级工程师,主要研究方向为分布式系统和计算机安全。...
- 【数据结构与算法】布谷鸟散列表的Java实现
- linux 创建一个垃圾篓防误删及其误删文件恢复
- 实战GraphQL+express+mysql项目完整demo
- 【转】SyntaxError: Non-ASCII character ‘\xe5′ in file
- VMware (威睿) 虚拟化产品简介
- CentOS7 安装MongoDB 3.0服务
- rank,dense_rank,row_number使用和区别
- ASP.Net防止页面刷新重复提交
- MapXtreme 2005新增内容