单晶解析需要两个文件,即衍射文件(hkl file)和指令文件(ins file),关于这俩个文件的简介可以去看之前的两篇推文:《晶体解析与精修—衍射数据文件(hkl)》和《晶体解析与精修—指令文件(ins)》。如果你不是做测试及还原工作,那么你拿到的文件是已经还原后的文件,可能有下图几种情况:

上述情况中的CrystalClear.cif、name.cif_old、output.cif、teray.inf等文件均是包含测试仪器以及晶胞等信息,name.p4p文件则主要包含晶胞信息。下面将分情况对如何获取单晶解析所需的两个文件(hkl和ins)做简要介绍:

1、直接用xprep程序确定空间群并输出hklins文件

1.1 hkl文件+晶胞参数

当你拿到的文件只有hkl文件和晶胞参数信息,而没有p4p文件时,你可以将xprep.exe程序放在该数据文件夹中,然后将hkl文件拖拽到xprep.exe上打开xprep程序,然后手动输入晶胞参数,也就是a, b, c, α, β, γ六个参数,无需输入其标准偏差,其过程如下图所示:

1.2 hkl文件+p4p文件

当你拿到的是hkl和p4p两个文件时,直接将hkl文件拖拽至xprep.exe程序,则xprep会自动读取p4p文件中的晶胞参数,并直接进入格子确定步骤,如下图所示:

2、用shelxtl调用xprep程序确定空间群并输出hklins文件

2.1 shelxtl打开hkl文件

a. 双击shelxtl.exe打开shelxtl

b. 在菜单栏第一项Project下拉菜单中选择New,则弹出Open a New Project对话框

c. 在"查找范围(I):"选项中找到晶体数据所在文件夹

d. 在"查找范围(I):"选项下的名称下方选择文件,可以选择hkl,也可以选择p4p(若要打开其它类型的文件,则在"文件类型(T):"选项的下拉菜单中进行选择)

e. 在Project name后的输入框中输入一个名称(任何不带中文符号的名称)

f. 点击右下角的"打开(O)"按钮

g. 点击菜单栏中的XPREP按钮进入xprep程序确定空间群并输出hkl和ins文件

2.2 hkl文件+晶胞参数

若你拿到的文件只有hkl文件和晶胞参数信息,而没有p4p文件时,完成2.1a-f步骤后,在g步骤中点击XPREP按钮后,按照1.1所述步骤操作即可。

2.3 hkl文件+p4p文件

当你拿到的是hkl和p4p两个文件时,完成2.1a-f步骤后,在g步骤中点击XPREP按钮后,按照1.2所述步骤操作即可。

按照上述1-2所述步骤得到新的hkl和ins文件后,就可以用各种晶体解析软件进行结构解析和精修了,例如你可以直接用shelxtl进行解析和精修,也可以用Olex2或者shelxle来精修。

3、用Olex2调用xprep程序确定空间群并输出hklins文件

3.1 hkl文件+p4p文件

当你拿到的是hkl和p4p两个文件时,在Olex2中直接打开p4p文件并调用xprep程序确定空间群即可。如下图所示,你可以有四种方式(菜单栏GUI面板指令以及快捷键)打开Open File对话框,找到晶体所在文件夹,选择p4p文件,然后点击"打开(O)"按钮。

随后在命令行输入指令xprep调用xprep程序确定空间群并输出新的hkl和ins文件,如下图所示:

3.2 包含晶胞参数和散射因子的hkl文件

有一种比较特殊的情况,就是当你拿到一个含有晶胞参数和散射因子(原子类型)的文件时,如下图所示:

当你拿到这种khl时,你可以用Olex2直接打开这个hkl文件,则Olex2将会直接进行解析,如下图所示:

得出结果如下图所示:

你可以直接接下去进行结构解析,也可以在Work菜单下Solve子菜单中选择解析程序重新进行解析。

希望本篇内容对大家有所帮助。

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