如何总结和整理学术文献

来自知乎：https://www.zhihu.com/question/26901116/answer/39253382

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个人推荐软件组合：

文献总结整理 ：Endnote
文献阅读 ：网页版fulltext
做笔记 ：Onenote

为什么使用这几个软件？
因为这样最符合我的需求。

我们的需求是什么？

1. 阅读文献的时候：

排版舒服容易阅读（网页版和pdf都合适）
不懂的内容，即时google（网页版较合适）
例如，内容中出现：“xxxxx[11]”。我希望马上看看这个参考文献[11]是什么。pdf版太烦了——要拖下去找这个参考文献[11]，然后再滚上来，忘了刚刚看到哪了。这点（大部分文献的）网页版就很好，鼠标虚指一下[11]这个链接，参考文献的citation信息就显示出来，再点一下，直接就可以打开这个参考文献的页面（如图）。
在内容中highlight关键部分：IE可用imarkup扩展；firefox可用wired-marker（如图）。高亮记录永不丢失，并可搜索。
阅读的同时做笔记：onenote可贴到屏幕右边，记录你的总结和火花。如果使用IE，onenote还可以自动记住你是在阅读原文哪一段时做的这一句笔记。
所以，我阅读文献采用网页版，笔记采用onenote。

2. 做文献整理的时候：

我对文献整理软件的唯一需求，就是能快速找到想要的那一篇/几篇文献。想找哪篇找哪篇，忘了关键信息也能找到，模糊检索也能找到。想象以下场景：

我想找那篇之前读过的（标记已读/未读功能）；
2005年发表的（排序功能）；
分组在"Crystallography"组的（分组功能）；
曾被我标记了"mTOR"标签的（标签功能）；
忘了是题目还是内容中含有"pET28a"的（全文内搜索功能）
的文献

满足所有这些功能的，我知道的只有Endnote和Mendeley （可能还有别的软件）。我选择了Endnote。另外，把Endnote文件放在OneDrive/Dropbox等文件夹里，还可实现同步。

综上所述，我的选择是网页版阅读+Onenote笔记+Endnote整理。

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我认为整理文献的主要目的就是：能够在任何条件下，快速找到所需信息。任何好用的软件，都不如大批量多批次的文献阅读。

我的思路是：轻整理，重搜索。轻整理，是指不对文献分类，或者只是对文献简单分类。重搜索，是指利用不同的搜索工具，快速定位到我需要的文献。我认为在现在搜索技术已经很强大的情况下，如果利用笔记等手段整理，反而容易造成条条框框，在对于一篇文献关注太长的时间，不利于提高效率。在日常使用中，除了在文献PDF上直接标注，我很少用其他的软件去记录我看过的文献。因为除了文献本身，其他还有什么载体能够那么直接方便地记录呢？所以整理文献问题就成了：如何快速找出那篇有我笔记的PDF文献。以此为目的，我建立了一套以文献PDF云同步为基础，辅以大量搜索工具的文献整理方案。

其实做过科研工作的人都会发现，其实真正需要把一篇文献从头到尾读完的情况是很少的。在大多数情况下，我们需要的其实是大批量多轮次地阅读文献，因为在一个项目的不同阶段，哪怕是同一篇文献，所关注的点也是不一样的。如果在项目初期，就对所有的文献，都投入同样的时间，阅读同样的深度，势必会浪费大量时间和做无用功。我曾经也走过文献整理的弯路，每阅读一篇文献，都会在Onenote上建立一个条目，按照文献题目，创新点，实验过程，个人感想等分别填空。但是文献读的多了之后，这个方法我觉得效率不高，用的频率也越来越少了。

我现在的主要方法是：以Mendeley建立电子文献索引为主，并以云端同步PDF文献为主要储存手段，通过Everything，Google Scholar，桌面搜索软件，Onenote笔记等多种搜索手段，快速找到自己所要的信息。

==================干货开始=====================
**重搜索部分**
在新项目（写一篇综述，开始一个新课题或者完成一份大作业）开始之前，我会在Mendeley中根据不同项目，建立一个新文件夹。

一个项目刚开始的时候，文件夹中没有文献，就需要先建立一份本地的文献原始积累。我习惯在Web of Science上根据关键词去找所需要的文献。
比如我现在想看一下微流控单细胞测序（microfluidic single cell sequencing）最近的进展时，就去WoS搜：
总共有214篇文献。我会把214篇文献的题目先全部浏览一遍，其中大概100篇需要下载看一下PDF。最后我会剩下大概50篇左右PDF，拖进Mendeley，建立原始的文献积累。Mendeley会自动提取文献信息，按照文献的发表年份，期刊，和文章题目将文献重命名，并将该文献自动整理到指定文件夹中，完成文献的原始积累。
其他回答中提到了用Endnote。我用Mendeley而不是Endnote做文献索引，主要是因为：Mendeley是我用过所有的文献整理软件中，提取文章题目，发表年份和期刊等信息最准确和方便的软件。看到一篇有意思的文章，我只需要往Mendeley中一拖，它就会帮我自动提取文献信息建立条目，并将文件拷贝到指定文件夹中。其他的软件，要么是提取文献条目的准确度不高，要么就是建立文献条目非常麻烦，需要花大量的时间去建立条目，大大降低文献阅读效率。

我又将这个Mendeley的文件夹中所有文献用dropbox同步。之后我要看文献时，只从这个文件夹中打开文献。这样做的好处就是，把所有的文献和笔记信息全部集中化了，不会造成信息碎片。

做笔记我也只在PDF上做，这样就不用另外开一个软件写笔记，并可以对自己感兴趣的信息直接标注，实现信息最大程度集中化。哪怕打印了纸版的文献，我在看完后也会把纸版上的笔记全部在PDF上标注，避免信息碎片化。

我看一篇文献，除了一些世界上的顶尖超级大牛，一般记不住作者的名字，但是我一般会对文章发表年份和所在期刊有很深的印象。而且一般题目又提供了文章中最主要的信息。所以我设置Mendeley自动根据文献的三个强信息：发表年，发表期刊，和文章题目自动重命名，并结合everything，在本地实现文献的第一重搜索。
如果搜索目标很明确，比如我现在想找一篇之前在Nature Drug Review上看过的关于drug combination的文章，由于关键词很明确，用Everything直接就从本地找到了，耗时不超过3秒。

如果搜索目标不那么明确，比如题主说的，“总感觉有些文献读过就忘记了，想用的时候想不起来”；或者找找一些特定的问题，不确定本地文献有没有。这个时候我一般会把所有能想到的关键词输入，上Google Scholar搜索。
这个时候，可能会找到一些文献在本地是有的，那就可以根据文献名，用Everything快速在本地找到对应的文献。
如果一些文献本地没有，那就直接下载PDF，阅读后在Mendeley建立本地索引。

如果想要搜索特定一句话，或者在写文章的时候想对一些说法进行佐证，就可以用Mendeley的搜索工具，
或者还是上Google Scholar。。。

**轻整理部分**
之后随着时间的流逝，一个文件夹下的文献慢慢变多，这个时候就需要在Mendeley中建立子文件夹了（对于我来说，每个项目中前前后后需要阅读的文献大概在300篇左右），也就是传统意义上的整理。但是我不赞成把文献归类做的过细。对一个项目下简单分类，使每个子文件夹中的文献大概不超过50篇，再通过发表年份，期刊名，作者名等信息，也可以很容易找到所需的文章了。
但是我现在不会等文献很多了之后再去建立子文件夹，而是会在平时读文献的时候，根据一个项目下的不同问题，建立一些小的分类。在Mendeley中，同一篇文献是可以归属不同的文件夹的，所以在归文件夹的时候也不用那么纠结。

最后，我想说的是，任何文献整理软件都不能代替人对文献的阅读，任何时候读文献中信息永远是第一位的。整理软件只能够帮助更加快速地找到所需的信息而已。
以上。

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在我看来，当搜集的文献多的时候，再牛逼的分类\分组方法也失去了最初期待的功能，这是因为每一个「分类」下面都会有很多文章，其实这种情况下根本没有办法通过「分类\分组」清晰的提取进一步的信息。

与其给 PDF 分类，真不如读完文章之后好好整理「读后的 notes」，以后需要什么内容就直接在 notes 里面搜索。notes 记在印象笔记里面就行（虽然印象笔记的搜索功能还处在初级的关键字匹配阶段，但还算够用）。

首先和大家说，我读的是 Computer Science 相关的文献，不是很清楚其他专业的文献是否可以用同样的方法来整理 notes。不过工科\理科专业应该差不多的。OK，现在开始。

*** 1. 需要在 notes 里面清楚的标注文章的 title，作者信息，和会议信息 ***
那么问题来了，应该用什么样的格式来放置这些数据呢？
在这一步推荐使用 dblp（http://dblp.uni-trier.de/），但 dblp 本身并不支持按照文章 title 搜索，所以我们在这里取一个巧，用 Google 里面的「关键字+site:[domain]」功能间接的在 dblp 中按文章 title 搜索。
（如果是非 CS 专业的，也可以通过类似的方法借助 Google 来间接搜索索引类网站，因为这种方法受网站自身内容影响，效果不一定特别好。
注：复制下来的文章标题一定要全+规范，可以提高未来搜索 note 内容时的准确性。）
例如，我们要读一篇名为“eBay in the Sky: Strategy-Proof Wireless Spectrum Auctions”的文献，我们就在 Google 中输入

"eBay in the Sky: Strategy-Proof Wireless Spectrum Auctions site: http://www.informatik.uni-trier.de"

进行搜索。我们点击第一个链接便可以看到如下页面，
然后我们直接复制红框当中的内容到印象笔记就OK。这样一来我们便有了准确+规范化的「文章题目，文章作者，以及文章所在会议」

*** 2. 总结文章内容 ***
记录好了文章的基本信息，下一步便是阅读文章。
目前（2015年04月），我通过问自己以下几个问题来保证“阅读过程当中思路不跑偏”：
1. What is the problem?
2. Why is the problem interesting?
3. Why is the problem unsolved?
4. What is the authors' idea?

可能有时候会认为：“一篇还比较重要的文章，我就从头到尾一点一点去看，然后看完第一段看第二段，直至看完”。

但其实这样的做法是有点问题的，因为很可能读到中间还不知道这篇文章到底在讲什么。这样就很“致命”。

“致命”是因为，在没有掌握文章的基本逻辑的时候，就 很难分辨出什么部分是重点，什么部分不是重点 。虽然说文章内容都有其意义，但是意义的重要程度却不尽相同。所以推荐先使用上面四个问题来理顺文章框架，然后再针对感兴趣的内容仔细研读文章。

[精力有限，慢慢一点点的分享给大家喽]
如果大家觉得我写的对整理文献有一点启发，欢迎点赞！等我有空会持续更新 :)

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