gn算法java_R语言构建蛋白质网络并实现GN算法

R语言构建蛋白质网络并实现GN算法

1.蛋白质网络的构建

我们使用与人类HIV相关的蛋白质互作数据hunam-HIV PPI.csv来构建这个蛋白质互作网络。

在R中，我们可以从存储在R环境外部的文件读取数据。还可以将数据写入由操作系统存储和访问的文件。 R可以读取和写入各种文件格式，如：csv，excel，xml等。

想要读取csv文件，我们需要：

设置工作目录

读取CSV文件

代码如下：

setwd("/Users/.../Documents/...")

data

这样，我们就得到了蛋白质互作数据并存储在了data中。

接下来，我们使用igraph包来构建该网络。(因为数据中只有两列表示两个有连接的顶点，因此我没有构建数据帧用于存放顶点的特征)

edges

graph.data.frame(也可写作graph_from_data_frame)函数有许多参数，具体内容如下:

graph_from_data_frame(edges,direced,vertices)

现在，我们已经建立了图形g，如果你想看看它的样子，可以简单地通过plot(g)来做到。

2.生物网络的模块发现方法

在许多复杂网络中，对于模块(或称为社区)的划分是非常有意义的。模块发现，或称为社群发现主要有五种模型。

社群结构特点：社群内边密度要高于社群间边密度，社群内部连接相对紧密，各个社群之间连接相对稀疏。

社群模型

概念

效果

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