Ubuntu下Zotero及Docear的安装、插件配置、联合使用

最近在做课程的project，免不了要读大量的文献，但是之前一直没有养成良好的文献管理习惯，读完的论文过两天总是要忘记。趁着五一放假，心血来潮学了学文献管理的软件和方法。安装配置过程中遇到了不少问题，费了不少劲找到解决问题的方法，最终还算都圆满的解决。
文献管理软件不少，用户量最大的应该数Endnote了吧，学校也购买了Endnote正版软件，但是Endnote并不支持linux系统，偏偏我大部分工作环境都需要linux，所以Endnote并不适合。在知乎上看到有人推荐Zotero及Docear，均支持跨平台，又免费，正好满足我的需求，于是便入了坑，用了这几天后发现这两者的确是非常优秀的文献管理工具，并且优势互补，配合起来使用非常方便。

安装Zotero

Zotero本来是firefox浏览器的插件，后来壮大到在Windows, linux, Mac系统均有桌面版, 并且支持多种浏览器插件. 本章节着重介绍如何在Ubuntu下安装配置Zotero.

下载及运行

从Zotero官网下载Zotero for linux, 解压后运行run-zotero.sh即可，当然如果你想以后打开方便，可以创建desktop。
如果只能离线管理文献就太low了，Zotero强大的地方在于安装了插件Zotero Connector (下载链接就在Zotero for linux的下方) 后可以非常方便的从网页上抓取文献，经过我三天的体验，发现其支持谷歌学术，ieee，web of science, acm等，完全满足我看论文常用的网站及数据库。Zotero Connector目前支持Chrome，Firefox及Safari, 我使用的Chrome。有关Zotero Connector的使用方法，可以参看这里，非常简单好用。

安装Docear

Docear是基于思维导图形式的文献管理工具，给人耳目一新的感觉，这也是Docear的一大特色，但是Docear的文献管理方面不如Zotero，这也是为什么前面我说Docear和Zotero优势互补，后面我也会重点介绍如何让二者结合起来使用。
docear的安装也非常简单，只要从Docear主页下载安装包，同样是解压后可以直接运行docear.sh即可。Docear主页的视频介绍了Docear的入门使用方法，在这里我就不再赘述了。

PDF-XChange Viewer安装

Docear有一个优秀的特性是可以从pdf文档导入批注到思维导图中去，但问题是跟这一功能相容的pdf阅读器非常少，linux则更是凤毛麟角。Docear推荐使用PDF-XChange Viewer, 这个软件也是唯一能兼容Docear所有功能的pdf阅读器。但是事实上，PDF-XChange Viewer已经停止更新了，并且该软件压根没有linux版本，如果想在linux使用该软件，就需要安装wine, wine的安装过程请参看https://wiki.winehq.org/Ubuntu。
wine安装完成后，下载PDF-XChange Viewer的Potable version，最好不要使用exe installer或者zip installer版本，以防出现兼容问题。解压后可以直接双击exe文件执行。
使用过程中发现PDF-XChange Viewer一个小问题，在添加批注(annotation)后一定要关闭批注的内容框后再保存，否则软件会崩溃，当然这也有可能是个例，仅供参考。

Docear和PDF-XChange Viewer关联

Docear与PDF-XChange Viewer关联后可以在Docear的思维导图中双击pdf文件，软件会自动启动PDF-XChange Viewer打开文档，在PDF-XChange Viewer对文档进行批注后可以在思维导图中导入批注内容。这正是二者关联的意义所在。
关联方法：在Docear中点击左上角的文档圆圈->preference->PDF Management->open annotations，切换到”use compatible PDF viewer”, 选择”Manually define the pdf reader”，然后在弹出的窗口中选择PDF-XChange Viewer的exe文件，点确定，最后别忘了点击preference页面右下角的确定。
关联完成后，Docear会提示重启，重启后双击思维导图中的pdf标示就可以在PDF-XChange Viewer中打开文档了。PDF-XChange Viewer中高亮及批注后保存，在Docear中import一下就能看到批注内容了。

Zotero及Docear联合使用

安装Better BibTeX

Docear作为文献管理工具着实有点“不称职”，参考文献自动获取体验差，手动输入参考文献更是不能忍，好在Docear开放性好，支持读取bib文件，利用这一点，我们可以从Zotero导出bib文件给docear。当然如果每次都要手动的导出，体验又是极差的，所以这里我们用一个Zotero的插件帮助我们自动导出bib文件，插件的名字叫Better BibTeX ，插件安装方法参考这里。
接着我们需要配置Better BibTeX 。在Zotero中依次点击”Edit->Preferences->Better BibTex->Automatic export”，切换到”On Change”, 点击确定。
关键步骤：右击我们想导出的library或者collection，选择”export collection”, 在弹出的窗口中的配置参考下图，即Format选Better BibTex，勾选Keep Updated, 这样当文献发生增减变化时，bib文件也会自动更新。

点击确定后弹出窗口选择bib文件保存的地址和文件名。

安装ZotFile

Better BibTeX是帮我们把bib文件导出来，而另外我们还需要pdf文档，Zotero的文件结构是每一篇文献都会有独立的文件夹，并且文件夹往往还有一些其他文件，手动将pdf文件拷贝出来比较麻烦。另外一个插件ZotFile一定程度上帮我们解决了这个难题。
安装过程与Better BibTeX类似，此处不再赘述。主要说一下ZotFile的配置。依次点击”Tools ->Add-ons->ZotFile->Preferences->Tablet Settings”，配置如下：

在Location of Files on Tablet处选择你希望pdf文档保存的位置。
回到Zotero主界面，选中一篇或者多篇文献后右击->Manage Attachments->Send to Tablet, 文献将会被拷贝到之前指定的文件夹下。当然，此过程也可逆向进行，如果你添加了批注想在Zotero中显示，可以选择”Get from Tablet”，此时Zotero的文档将被目标文件夹下的文档替换掉。
讲到这里你一定会有疑惑，Tablet不是平板的意思吗？是的，ZotFile的本来目的是将PC端的文档与平板电脑之间同步，而我们则利用此功能实现与Docear之间的同步罢了。

导入bib及PDF文档至Docear

有了bib文件及PDF文档，我们可以创建Docear project，导入bib及PDF。

如上图，在Docear的”Create new project”页面勾选第二项，bibTex File选择我们之前导出的bib文件，PDF则可以添加ZotFile配置的文件夹。完成这一步，我们就实现了Zotero和Docear之间的同步。

当然，当Zotero文献发生变化时，我们还是要手动点击”Send to Tablet”，然后在Docear中要手动刷新一下PDF和bib文件，这是目前此方法不够完美的地方。