昨天用ubuntu安装了cutadapt,但是在之后的程序运行中,还是行不通。因此,今天还是在win10下用python来进行安装。

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python 的安装

来自风变编程:助教蓬蓬 2020年8月更新

《【windows】Python+ Vscode 安装文档》

https://docs.forchange.cn/docs/yTt3vQg8XcR9VgtV

《【Mac】Python+ Vscode 安装文档》

https://docs.forchange.cn/docs/KtrV9P6J8VpDWRjp

也可以通过安装conda来安装python,但要注意版本,不同版本的conda,其python版本也不同。如果安装的时候没有选择配置环境变量,之后要手动配置。

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用cmd 运行python

https://zhidao.baidu.com/question/1510889184474081700.html

cutadapt安装

https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6404958.html

运行提示需要python3.5以上

查看python和pip版本的命令如下:

python --version

pip list

或者

pip show pip

注意:如果系统只安装了python3,那么python就表示python3,如果2和3都有,那么运行时才区分python2和python3。

可能涉及到要给pip 升级,命令是:

python -m pip install --upgrade pip

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安装cutadapt的命令:

python -m pip install --user --upgrade cutadapt

下图运行结果提示缺少C++和wheel

在以下帖子里找到了解决方案,也就是需要在提到的网址中去下载和安装visual studio

https://github.com/pydata/bottleneck/issues/281

具体安装步骤我给截下来了,如下图

安装过程中发现了c++生成工具(如下图),和程序结果图中所述一致,立即选择安装。

终于安装成功了!!

注意:结果提示最好添加变量环境

C:\Users\xll\AppData\Roaming\Python\Python38\Scripts

方法如下:

https://jingyan.baidu.com/article/47a29f24610740c0142399ea.html

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尾巴

后续的dada2运行程序也终于成功了,这个下回再分解。

欢迎大家关注吉吉和祥祥的公众号,与我们多多交流!!

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