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1 什么是CIF文件

晶体学信息文件(Crystallographic Information File, CIF)是以“.cif”结尾的计算机文件(如图1),它包含了每个晶体的详细信息,如晶胞参数、原子坐标、文献资料等。它是进行晶体结构描述,解析,传播和表达时最常使用的文件格式,广泛应用于晶体结构绘图,XRD精修以及材料理论计算等各个方面,在材料科学中具有着重要的作用(如图1)。各种晶体/材料/计算处理软件,如Vesta,Diamond,GSAS,Mercury,Rasmal,Materials Studio,都以晶体信息文件作为输入或者输出结果。因此认识和获取CIF文件就显得极为重要。

图1 CIF文件示例及其作用

2 CIF文件内容解析

CIF文件的读取需要用到上面所述的晶体/材料学专门的软件,不过我们也可以用Windows自带的记事本和写字板打开,如图2所示。

图2 用Windows自带的写字板查看CIF文件

CIF文件包含的内容可以分为如下几个部分,下面我们就以NaCl的CIF文件为例:

(1)此CIF文件的下载来源,编辑和使用信息,见图3。此部分信息用处不大。

图3 CIF的文件内容1

(2)该CIF文件的数据编号以及CIF文件来自于哪个文献,包括作者名称,题目,杂志名称,页码,DOI等信息,见图4。这个方便我们在使用的时候进行引用。

图4 CIF的文件内容2

(3)该部分主要为晶体的结构信息,包括结构式,各个原子及其数量,空间群编码,晶系(cubic),空间群(Fm-3m),晶胞夹角(alpha, beta, gamma),晶胞包含的分子数Z,晶胞尺寸(a, b, c),晶胞体积(volume)等信息。

图5 CIF的文件内容3

(4)如图6所示,并没有截图完全,这部分的信息通常很长,不用管它,它主要描述的是晶体中的对称位置及其坐标信息。

图6 CIF的文件内容4

(5)如图7所示,这部分主要描述各个原子的参数信息,其中第1部分的描述分别竖排对应第2部分的信息,依次为:标签,符号,多重性,Wykoff标记,原子坐标(x, y, z),占位度,吸附的氢和原子位置计算标记。

图7 CIF的文件内容5

(6)最后一部分描述了原子的类型及其价态,如图8所示。

图8 CIF的文件内容6

3 CIF文件的获取

CIF文件的获取是最基础也是最重要的一步,这个问题也是新人最常问到的,下面我就将一些常见的获取方法介绍给大家。

(1)COD数据库:http://www.crystallography.net/cod/index.php

Crystallography Open Database,晶体学开放数据库是一个完全免费,开放的数据库,这也是我为什么将其排在首位的原因。点击左侧侧边栏的Search即可打开搜索界面。以NaCl为例,如图10所示,输入元素符号以及原子数量限制即可搜索出如图11所示的结果。然后,点击Links栏目下的蓝色的CIF文字即可下载(见图11)。

图9 COD网站的主页

图10 COD的搜索界面

图11 NaCl的搜索结果及下载链接(红圈)

(2)Findit软件

Findit是无机晶体结构数据查询软件。使用该软件也可以方便快速的查找到所需物质的CIF文件。如图12,它就是Findit软件的主界面。以查找NaCl的CIF为例,如图13所示,首先选择Type为Exclusive And(有且只有),然后选择Na和Cl元素,然后点击Search按钮,就可以得到如图14所示的搜索结果。随后,勾选需要的条目,然后另存为CIF文件即可,见图15。

该软件需要购买或自行查找资源。

图12 Findit软件的主界面

图13 搜索NaCl的CIF文件示意图

图14 搜索结果

图15 选择并保存为CIF文件

(3)ICSD:https://icsd.fiz-karlsruhe.de/index.xhtml

无机晶体结构数据库(The Inorganic Crystal Structure Database,ICSD)由德国的The Gmelin Institute (Frankfurt)和FIZ(Fachinformationszentrum Karlsruhe)合办。该数据库从1913年开始出版,至今已包含近10万条化合物目录。每年更新两次,每次更新会增加2000种新化合物,所有的数据都是由专家记录并且经过几次的修正,是国际最权威的无机晶体结构数据库。它只收集并提供除了金属和合金以外、不含C–H键的所有无机化合物晶体结构信息。包括化学名和化学式、矿物名和相名称、晶胞参数、空间群、原子坐标、热参数、位置占位度、R因子及有关文献等各种信息。

该数据库不是免费的,不过许多大学都已经购买了该数据库,访问网址即可使用。检索方法也比较简单,就不介绍了。

图16 使用ICSD数据库查找CIF文件

(4)其他晶体学数据库:

PCOD(Predicted Crystallography Open Database),http://www.crystallography.net/pcod/,这也是一个免费的数据库;

图17 PCOD数据库

CCDC(The Cambridge Crystallographic Data Centre),https://www.ccdc.cam.ac.uk/,可以查找有机物的,许多大学也购买了该数据库;

图18 CCDC主页

IUcr(International Union of Crystallography),https://www.iucr.org/

图19 IUcr主页

(4)杂志附件下载:有些杂志,尤其是晶体学相关的杂志,会在其附件中附加CIF文件,因此我们也可以从此处来下载。

(5)从老师或者师兄师姐那里索要:这是一个捷径。

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