PICRUSt2 安装 q2/ conda / APP 和简单代码

16S扩增子功能预测的安装一些操作，供给参考。

#一些学习资料

https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Installation

https://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-Tutorial-(v2.4.1)#picrust2-pipeline

https://github.com/picrust/picrust2/wiki/q2-picrust2-Tutorial

#插件版本https://library.qiime2.org/plugins/q2-picrust2/13/

#安装成功的话，检查下
qiime picrust2 full-pipeline --help

qiime picrust2 full-pipeline \
--i-table /home/qiime2/pic/filtered_filtered_table.qza \
--i-seq /home/qiime2/pic/rep_seqs.qza \
--output-dir q2-picrust2_output \
--p-placement-tool sepp \
--p-threads 1 \
--p-hsp-method pic \
--p-max-nsti 2 \
--verbose

#APP安装的两种方法
https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Installation
#本地的qiime2的APP
conda activate qiime2-2021.2
#官网下载，并解压，cd到文件目录
cd /home/ouyy/cheng/soft/picrust2-2.4.1/
#配置环境
conda env create -f picrust2-env.yaml
#需要相应conda版本？
conda update -n base -c defaults conda
#
conda activate picrust2
pip install --editable .
#检验
pytest

#使用 bioconda 安装 PICRUSt2 环境，这样安装是独立APP
conda create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2
#激活环境
source activate picrust2
#退出环境
source deactivate picrust2
####加载环境
conda activate picrust2
####参考序列qza→dna-sequences.fasta
qiime tools export \
--input-path rep_seqs.qza \
--output-path repseq
####输出table的biom格式
qiime tools export \
--input-path filtered_filtered_table.qza \
--output-path repseq
###table转成txt #转换成txt去掉第一行，otu id加短杠
biom convert -i feature-table.biom -o otu_all_levers.txt --to-tsv

#线程设置小一点自己电脑的话
picrust2_pipeline.py -s pic/dna-sequences.fasta \
-i pic/feature-table.biom \
-o picrust2_out_pipeline \
-p 2

#运行流程
picrust2_pipeline.py -s pic/dna-sequences.fasta -i pic/otu_all_levers.txt -o picrust2_result -p 16

add_descriptions.py -i EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz -m EC \
-o EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv.gz

add_descriptions.py -i KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz -m KO \
-o KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv.gz

add_descriptions.py -i pathways_out/path_abun_unstrat.tsv.gz -m METACYC \
-o pathways_out/path_abun_unstrat_descrip.tsv.gz

# 生成kegg pathway 丰度表
pathway_pipeline.py -i KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz \
-o KEGG_pathways_out --no_regroup \
--map picrust2/default_files/pathway_mapfiles/KEGG_pathways_to_KO.tsv
# 添加功能描述
add_descriptions.py -i KEGG_pathways_out/path_abun_unstrat.tsv.gz \
--custom_map_table picrust2/default_files/description_mapfiles/KEGG_pathways_info.tsv.gz \
-o KEGG_pathways_out/path_abun_unstrat_descrip.tsv.gz

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