利用auto dock软件做单个蛋白-小分子对接

2024-05-16 00:15:45

今天的内容主要介绍小分子数据库与auto dock vina做单个蛋白-小分子对接的方法：

小分子数据库

ZINC小分子数据库是比较著名的小分子库，里面的小分子基本都可以买到，而且还能搜索与某小分子相似的其它小分子，功能强大，官网是：https://zinc.docking.org/

当然还有很多其它小分子库，如pumchem里也有很多小分子：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

根据大家的需求去选择小分子

本系列课讲解的文献里使用的是ZINC里收录的1615个FDA获批的小分子：https://zinc.docking.org/substances/subsets/fda/

auto dock vina使用方法

“提前安装好autodock tools和autodock vina”

安装方法可以去auto dock vina官网上的tutorial一栏中找，或者参见山东大学生物信息学课程（http://www.icourse163.org/course/SDU-1001907001），该课程有一节专门讲小分子对接的，但是课程里用的是autodock，不是auto dock vina，使用的准备受体和配体，以及盒子的方法是一样的；

准备受体文件，将受体pdb文件转成pdbqt文件：

file--read molecule--选择receptor.pdb
Edit--hydrogens--add--选择默认选项点OK，或者Polar only--点OK
Grid--macromolecule--choose--protein--select molecule--OK--保存为pdbqt文件

准备配体pdbqt文件：

ligand--input--open--ligand.pdb
hide protein, so we can see the ligand.pdb
ligand--torsion tree--choose torsion
ligand--out put --save as pdbqt

准备盒子大小和坐标：

grid--grid box--调整盒子大小和盒子的中心坐标

把盒子的大小和坐标记下来：

32， 30， 28

-11.867, 15.851, 68.917

创建conf.arg文件：

receptor = receptor.pdbqt
ligand = ligand.pdbqtcenter_x =  -11.867
center_y =  15.851
center_z =  68.917size_x = 22
size_y = 30
size_z = 28exhaustiveness =16
num_modes = 9
energy_range = 4

autodock vina对接receptor.pdbqt和ligand.pdbqt:

打开windows的终端，输入：

cd receptor和ligand的目录地址

运行auto dock vina:

"C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config conf.arg --lo

批量对接需要Linux平台，大家如果没有Linux，建议安装虚拟机或者双系统，在Linux下同样是先准备好auto dock vina和mgltools软件，后面做小分子文件转换还需要babel软件，这些软件的安装教程在他们的官网上都有，大家可以摸索着安装一下，我们下一节将介绍小分子批量对接的方法。

最后，有分子对接或者分子动力学相关需求，欢迎通过微信公众号联系我们。

微信公众号：320科技工作室。

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