mirdeep2使用笔记

简介

mirDeep2可用于新microRNA的预测，以及microRNA的定量
这个软件由多个perl脚本模块组成

mapper.pl
miRDeep2.pl
quantifier.pl

下载安装

## 首先下载和解压缩
wget https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.3.tar.gz
tar -xvzf v0.1.3.tar.gz
## 然后安装,软件会自动安装
# source ~/.bashrc (此步骤根据软件提示而定)
perl install.pl

使用方法

Step1, 从miRbase中提取相应物种的所有microRNA参考序列

mirDeep2提供一个perl脚本，帮助用户从miRbase的microRNA的fasta文件中，提取自己所需物种的microRNA序列

# 提取mature
extract_miRNAs.pl ~/mirbase/21/mature.fa.gz hsa > mature_ref.fa
# 提取hairpin
extract_miRNAs.pl ~/mirbase/21/hairpin.fa.gz hsa > hairpin_ref.fa

同时可以为miRdeep2提供其它近缘物种的microRNA序列，以辅助新microRNA的预测

extract_miRNAs.pl ~/mirbase/21/mature.fa.gz mmu,ptr > mature_other.fa

Step2, bowtie1为参考基因组建立索引

因为之后miRdeep2会将microRNA回帖到基因组上，所以要提前为我们所选物种的参考基因组构建bowtie1的索引 (注意是使用Bowtie1, 不是Bowtie2 ! )

bowtie-build refdb.fa refdb.fa

Step3, 新microRNA预测前的数据预处理

mapper.pl example_small_rna_file.fastq -e -h -i -j -k TGGAATTC -l 18 -m -p refdb.fa -s reads_collapsed.fa -t reads_vs_refdb.arf -v -o 4

-e 输入为fastq文件，如果输入是 fasta文件则使用 -c 参数
-h 输入文件如果不是 fasta格式(例如输入为fastq文件) 那么，就需要指定-h参数， -h参数可以将非fasta文件解析为fasta格式
-i 将RNA转换为DNA
-j 去除ACGTN以外的序列
-k 去除指定的adaptor, 这里我们的输入是去除序列开头的 adaptor TGGAATTC
l 最短的序列长度，这里我们写18(mirna一般长度是18-25 nt)
-m 删除文件中冗余的序列，例如某条序列在文件中重复出现了十次，那么软件将会把这条序列的另外9条删掉，只保留一条非重复的unique 序列，这条非重复的序列的标识符中将加上 _x10
-p 指定使用的参考基因组的索引前缀
-s 输出文件名
-t 输出arf 格式的文件
-v outputs progress report
-o number of threads to use for bowtie

Step4, 预测新microRNA

miRDeep2.pl reads_collapsed.fa refdb.fa reads_vs_refdb.arf mature_ref.fa mature_other.fa hairpin_ref.fa -t hsa 2>report.log

Step5, microRNA定量

我们使用 miRdeep2的 quantifier.pl 脚本来完成microRNA的定量
输入文件必需包括三份：含有microRNA前体序列的fasta文件(来源于miRBase)，含有成熟microRNA序列的fasta文件(miRBase)，我们自己测序得到的microRNA文件
可选输入：star.fa, 明星序列(来源于miRBase)

quantifier.pl -p precursors.fa -m mature.fa -r reads.fa -s star.fa -y now -t cel

-t 指定物种(三个字母缩写的前缀)

报错

Rfam_for_miRDeep.fa not found in your miRDeep2 scripts directory

因为我是通过bioconda下载的miRDeep2，所以出现了这个错误。我去github上看到了miRDeep2官方的解释是，它们并没有把miRDeep2放到bioconda上，自己去github下载安装miRDeep2是不会出现这个问题的。所以大家如果出现了这个错误，就自己去github上下载原版的软件自己安装使用吧！

git clone https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2.git

参考

https://www.jianshu.com/p/ebf162ae5690
https://www.mdc-berlin.de/content/mirdeep2-documentation
https://drmirdeep.github.io/mirdeep2_tutorial.html

mirdeep2使用笔记相关推荐

【读书笔记】知易行难，多实践
前言: 其实,我不喜欢看书,只是喜欢找答案,想通过专业的解答来解决我生活的困惑.所以,我听了很多书,也看了很多书,但看完书,没有很多的实践,导致我并不很深入在很多时候. 分享读书笔记: <高效1 ...
【运维学习笔记】生命不息，搞事开始。。。
001生命不息,搞事不止!!! 这段时间和hexesdesu搞了很多事情! 之前是机械硬盘和固态硬盘的测速,我就在那默默的看着他一个硬盘一个机械测来测去. 坐在他后面,每天都能看到这位萌萌的小男孩,各 ...
SSAN 关系抽取论文笔记
20210621 https://zhuanlan.zhihu.com/p/353183322 [KG笔记]八.文档级(Document Level)关系抽取任务共指id嵌入一样但是实体嵌入的时候 ...
pandas以前笔记
# -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sat Jul 21 20:06:20 2018@author: heimi "& ...
PyTorch 学习笔记（六）：PyTorch hook 和关于 PyTorch backward 过程的理解 call
您的位置首页 PyTorch 学习笔记系列 PyTorch 学习笔记(六):PyTorch hook 和关于 PyTorch backward 过程的理解发布: 2017年8月4日 7,195阅读 ...
容器云原生DevOps学习笔记——第三期：从零搭建CI/CD系统标准化交付流程
暑期实习期间,所在的技术中台-效能研发团队规划设计并结合公司开源协同实现符合DevOps理念的研发工具平台,实现研发过程自动化.标准化: 实习期间对DevOps的理解一直懵懵懂懂,最近观看了阿里专家带 ...
容器云原生DevOps学习笔记——第二期：如何快速高质量的应用容器化迁移
暑期实习期间,所在的技术中台-效能研发团队规划设计并结合公司开源协同实现符合DevOps理念的研发工具平台,实现研发过程自动化.标准化: 实习期间对DevOps的理解一直懵懵懂懂,最近观看了阿里专家带 ...
王道考研计算机网络笔记第六章：应用层
本文基于2019 王道考研计算机网络: 2019 王道考研计算机网络个人笔记总结第一章:王道考研计算机网络笔记第一章:概述&计算机网络体系结构第二章:王道考研计算机网络笔记第 ...
王道考研计算机网络笔记第五章：传输层
本文基于2019 王道考研计算机网络: 2019 王道考研计算机网络个人笔记总结第一章:王道考研计算机网络笔记第一章:概述&计算机网络体系结构第二章:王道考研计算机网络笔记第 ...
王道考研计算机网络笔记第四章：网络层
本文基于2019 王道考研计算机网络: 2019 王道考研计算机网络个人笔记总结第一章:王道考研计算机网络笔记第一章:概述&计算机网络体系结构第二章:王道考研计算机网络笔记第 ...