Qiime2 软件安装

近日开始学习Qiime2，本人是Windows10系统，但本次并没有选择安装双系统来安装Qiime2软件。而是在Microsoft Store中安装了Ubuntu 20.0 LTS来安装Qiime2。现将过程记录如下，以作纪念。

前言

整个安装基本参考Qiime2官网推荐方法和刘永鑫老师推荐方法。

1. Ubuntu安装

Windows 10系统上安装Ubuntu较为简单，通过Microsoft Store搜索该软件，然后安装即可。
Ubuntu安装需要持续几分钟，然后提示输入用户名和密码，输入密码过程中，屏幕上并不会显示字符，但实际已经输入。
首次安装还需要在“开启或关闭Windows功能”选择“适用于Linux的Windows子系统”。具体的过程可以借鉴知乎网友方法。

2. conda安装

本次安装主要基于conda安装，具体过程如下：

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
#.sh文件相当于Windows下的.exe
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
rm Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

conda的安装较为简单，很容易完成。conda安装完成后，按照刘永鑫老师推荐，添加了清华镜像。

site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
conda config --add channels ${site}/pkgs/free/
conda config --add channels ${site}/pkgs/main/
conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/
conda config --add channels ${site}/pkgs/r/
conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/
conda config --add channels ${site}/cloud/msys2/
conda config --add channels ${site}/cloud/menpo/
conda config --add channels ${site}/cloud/pytorch/

3. Qiime2安装

3.1 首先在用户文件夹下设置子文件夹，存放qiime 2安装程序

mkdir -p 2020.2
cd 2020.2

3.2 下载Qiime2安装列表

wget -c https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

这个真的很难完成，需要手动下载后，添加到qiime2文件夹下。但是可能没有权限的原因，即便添加到了qiime2文件夹，仍然无法识别，在ubuntu下输入ls命令，显示不存在.yml文件。这里我采用了两种方法解决这个问题：

将.yml文件下载到其他文件夹下，比如E盘，然后通过在ubuntu输入

cd /mnt/e/

找到这个.yml文件，利用mv命令将其粘贴到qiime2文件夹下。

mv qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml /home/so/qiime2/

此外，还可以在Qiime2文件夹下，建立qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml这个空文件，代码如下

touch qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

此后将下载的qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml内容复制到该文件中。此后，安装qiime软件：

conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

该过程有时候安装特别缓慢，还容易存在部分文件下载不成功。推荐晚上安装，这时候网速较好，下载速度快(~ 30 min)。有时候会存在部分文件下载不成功，这时候再执行

conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

下载完成后，需要安装，静待即可。
最后通过，

conda activate qiime2-2020.2

可验证Qiime2是否安装成功。