计算表面静电势

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！

四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn)，专业从事分子模拟，量子化学等计算服务，欢迎咨询！

APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具，目前在多个软件中均有APBS的插件，如VMD、PyMOL等，但是笔者都使用过这些工具，发现Chimera软件的APBS工具是最方便的，效果图如下所示，适合于初学者，下面我把用Chimera绘制表面静电势的流程总结如下，希望对学习APBS的初学者有所帮助。

1、下载安装Chimera软件，这是下载地址，笔者用的是1.11.2版本，Windows7平台

2、打开对应的结构，如下图所示，点击Tools——Structure Editing——AddH，为蛋白质结构进行加氢处理，这步也可以通过PDB2PQR网站进行加氢处理

3、为蛋白质结构加电荷，点击Tool——Structure Edit——Add Charge，可以选择应用的蛋白质氨基酸的力场，点击OK即可，

4、进行APBS计算，点击Tool——Surface/Binding Analysis——APBS，设置输出路径以及文件名，点击OK，开始计算，根据体系大小的不同，计算时间不等，该体系在笔记本上计算了约20分钟

5、计算完成之后，会弹出如下的对话框，同时需要点击Actions——Surface——show，显示出surface模式，在图中对话框中的Color Surface中选择MSMS main surface of test，再点击color按钮，即可将计算得到的.dx文件应用到surface；

6、对得到的图进行修饰：点击color后得到的表面静电势图区分可能并不明显，如下图所示，需要手动调节色彩范围，默认的是红色为-10，白色为0，蓝色为+10

点击对话框中的Options，可以选择色彩的个数，本例中选择5个，并手动调节静电势数值对应的颜色，如下图所示，就可以做出漂亮的表面静电势图了。

做完之后别忘记保存哦，点击File——Save Image，选择路径，即可保存漂亮的图片，还可以修改图片长和宽的分辨率（Image width/height）。如果觉得黑色背景不好看，可以手动调整背景为白色，操作步骤为Presets——Add Custom Preset，在category中选择background，再将background color改为白色即可。

最后，如果你对分子模拟、量子化学感兴趣，或者对文章有什么问题，欢迎加入我们的交流群：

qq群 580744615

计算表面静电势_APBS工具相关推荐

php是什么电荷,科学网—蛋白质的表面静电势、ζ-电位和表面电荷 - 朱俊向的博文...
最近在修改一篇蛋白质胶体文章,涉及ζ-电位(ζ-potential)测定.表面静电势(Electrostatic potential)模拟,以及表面电荷(Surface charge)计算,因此,思考 ...
arcgis 空间交集计算_ArcGIS空间分析工具
1. 3D分析 1.1. 3D Features toolset 工具工具描述 3D Features toolset (3D 要素工具集) 添加关于具有 Z 值的要素类中的要素的高程属性的信息. ...
在线字符串长度计算，字符串统计工具
在线字符串长度计算,字符串统计工具在线字符串长度计算,字符串统计工具本工具支持统计给定的字符串的总数,中文总数,英文总数,符号总数和数字总数等数据. 客户端实时计算,数据实时更新. https:/ ...
机器视觉——计算视野的小工具
计算视野的小工具 1. 使用方法和演示 2. 相机主要参数表格 2.1 海康威视 2.2 巴斯勒 3. 资源下载 1. 使用方法和演示目前工具支持海康威视和巴斯勒两个品牌的常用相机型号: 选择好相机 ...
接口试验。设计立体图形接口，包括计算表面积和体积的方法；设计圆柱体类和圆锥体类，分别实现立体图形接口，计算表面积和体积。
import java.util.Scanner; interface Solidfigure//立体图形接口 {void calculation_a();//计算表面积方法void calculat ...
excel自动排班表_造价拒绝熬夜！全套Excel工程计算表格+必备小工具，无偿领
造价拒绝熬夜!全套Excel工程计算表格+必备小工具,无偿领从事造价工作,总是要面临很多繁琐的工程算量数据.对于造价老手来说,有了一定的工作经验,面对复杂多样的数据,还是相当淡定.但对于新手来说,却 ...
如何写python脚本抓取数据并计算_【小工具】利用Python脚本从Gaussian计算结果中提取信息...
1.前言高斯(Gaussian)是一个功能强大的量子化学综合软件包,所有从事计算化学相关领域的科研工作者应该都使用或者了解过这个软件.它的输出文件(.log文件)是一个文本文件,可以利用文本工具打开 ...
知识图谱（KG）存储、可视化、公开数据集、图计算、图编程工具分享
知识图谱(Knowledge Graph),在图书情报界称为知识域可视化或知识领域映射地图,是显示知识发展进程与结构关系的一系列各种不同的图形,用可视化技术描述知识资源及其载体,挖掘.分析.构建.绘制 ...
C# 获取MD5 (MD5计算，MD5小工具)
方式一: 双击运行,输入字符串计算MD5值:或拖动任意文件或文件夹到到工具上,自动计算MD5值. 方式二: 拖拽文件或文件夹至getMD5.exe上,可自动计算文件或文件夹下所有文件的MD5值,保存至 ...

计算表面静电势_APBS工具

计算表面静电势_APBS工具相关推荐

最新文章

热门文章