基因家族进化分析之CDS批量获取

方法来源

https://www.jianshu.com/p/9f96fc7438aa

文件名提取方法参考以下。

https://my.oschina.net/u/2391658/blog/1927707

需要将cds文件和seqid文件放在同一文件夹。

#!/bin/bashb=$(ls *.cds)for j in ${b}
docds=`basename ${j} .cds`echo "We have cds files ${cds}"for i in ${cds}doecho "create a index of ${i}.cds and extract cds sequence information from ${i}.cds."xargs samtools faidx ${i}.cds < ${i}.seqid > ${i}.cdsseqecho "    if one of ${i}.seqid not in ${i}.cds.fai will be warn: [W::fai_get_val] Reference ##### not found in FASTA file, returning empty sequence[faidx] Failed to fetch sequence in #####"echo "    now the ${i} cds sequence information extracting are completed, we are preparing to sort ${i}.cdsseq." perl -pe '/^>/ ? print "\n" : chomp' ${i}.cdsseq | tail -n +2 > ${i}.cdstxtecho "    ${i}.cds file processing are completed and generate ${i}.cdsseq."       donedone

用samtools的时候如果基因号在fai文件中没有找到对应的会报错并停止，剩下的不再查找。

[W::fai_fetch] Reference ### not found in FASTA file, returning empty sequence

https://github.com/samtools/samtools/issues/673

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