gsva gsea ssgsea gaochao 使用GSVA方法计算某基因集在各个样本的表现

傻傻分不清！GSEA & GSVA有啥差别？史上最全教程来了！ - 知乎 (zhihu.com)

文章发表于2013年，GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data 同样是broad 研究生出品，其在2005年PNAS发表的gsea已经高达1.4万的引用了，不过这个GSVA才不到300。

GSVA

1.expr:表达矩阵，行对应基因，列对应样本;

2.gset.idx.list:用于GSVA分析的基因集，如MSigDb的gmt格式注释文件;

3.annotation:储存特定数据集的R包名称;

4.method:可选gsva, ssgsea , zscore, plage, 默认gsva;

5.kcdf:当method设置为gsva时，默认选项Gaussian (针对芯片表达矩阵，log

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