质控

FastQC

#安装
#从conda直接安装
conda isntall fastqc
#如果实在没办法，方法二，从官网下载
wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
unzip fastqc*.zip -d .
cd FastQC
chmod 755 fastqc
fastqc -h#使用
fastqc [-o output dir] [-f fastq|bam|sam] [-t threads] seqfile1 seqfile2 ... seqfileN

FastQC下载地址

Multiqc

#安装
conda install -c bioconda -c conda-forge multiqc#使用
multiqc .

比对

STAR

#安装
conda insall STAR
which STAR #看一下安装成功了没#使用
#先建立索引
STAR --runThreadN 4 --runMode genomeGenerate --genomeDir . --genomeFastaFiles GRCh38.fa --sjdbGTFfile GRCh38.gtf
#对GRCh38建立索引，约需内存32G，4线程下约需要1.5h#比对
STAR --runMode alignReads --runThreadN 4 --readFilesIn seq_1.fastq.gz seq_2.fastq.gz --outFileNamePrefix ../alignment_result/ID. --genomeDir ../ref --readFilesCommand zcat
#3514个单细胞，10线程36小时，内存约32G

Samtools

#安装
conda install -c bioconda samtools#.sam转换成.bam
samtools view -@ 10 -S SRR0011223344.sam -b > SRR0011223344.bam#.bam排序，默认按照染色体位置
samtools sort SRR0011223344.bam -o SRR0011223344.sorted.bam#索引
samtools index SRR0011223344.sorted.bam

报错踩坑

Parse Error
Truncated File.

文件里混入了一些莫名其妙的东西，有可能是Standard error 和 Stardard output 的问题。应该检查一下具体的代码时怎么跑的，pipeline是怎么样的，比较直接的办法就是不要贪图简便，把转换和sort的步骤分开跑。

生成表达矩阵

FeatureCounts

#安装
wget -c https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.0/subread-2.0.0-Linux-x86_64.tar.gz
tar -zxvf subread-2.0.0-Linux-x86_64.tar.gz
#统计conts
../app/subread-2.0.0-Linux-x86_64/bin/featureCounts -T 6 -t exon -g gene_id -a ../ref/GRCh38_ERCC.gtf -o CountsRaw.txt  *.sorted.bam 1>FeatureCounts.log 2>&1

生信软件的下载与使用方法总结相关推荐

生信软件c语言,科学网—[转载]没有docker我真的不想动这样的生信软件 - 张成岗的博文...
没有docker我真的不想动这样的生信软件 2020-03-26阅读 2620 C语言源代码需要编译的软件最开始开发者都是C语言流派, 所以标准的源代码安装三部曲即可,即使 configure+ma ...
生信软件5 - RIdeogram包绘制染色体密度图
该R包在全基因组测序WGS中可以通过用于描述突变位点在染色体上的分布,在转录组测序RNA-Seq中可用于描述差异表达基因在染色体上的分布,在WGBS中可用于描述DNA甲基化在染色体上的分布等. R包软 ...
C#，生信软件实践（01）——DNA序列数据库FASTA文件合并工具的源代码
1 生物信息学简介生物信息学(BioInformatics)是研究生物信息的采集.处理.存储.传播,分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合形成的 ...
生信软件2 - 下游比对数据的统计工具 picard
下游比对数据的统计工具 picard Picard是一组命令行工具,用于处理高通量排序数据和格式,如sam/ bam/ cran和vcf文件. 安装在Linux系统目录下执行以下命令下载软件 wge ...
生信软件 | FastQC（质量控制，查看测序质量）
生信软件 | FastQC 介绍高通量测序数据的高级质控工具输入FastQ,SAM,BAM文件,输出对测序数据评估的网页报告安装 conda install fastqc 这里需要安装Conda ...
生信软件4 - 拷贝数变异CNV分析软件 WisecondorX
使用wisecondorX可进行拷贝数变异CNV的分析,作者在论文中对比了多种软件的使用效果,可自行根据自己的项目需要,判断是否使用. wisecondrX安装 # conda安装 conda ins ...
Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机
很多优秀的生物信息学软件,如QIIME.QIIME 2.LEfSe等没有Windows版,而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低,而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题,配置和使用详见 - 扩 ...
Windows10/11安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机
很多优秀的生物信息学软件,如QIIME.QIIME 2.LEfSe等没有Windows版,而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低,而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题,配置和使用详见 - 扩 ...
C#，生信软件实践（03）——DNA数据库GenBank格式详解及转为FASTA序列格式的源代码
1 GenBank 1.1 NCBI--美国国家生物技术信息中心(美国国立生物技术信息中心) NCBI(美国国立生物技术信息中心)是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支.它的使命包括四项任务: ...
Conda及常用生信软件安装
1 Conda安装 1.1 Conda介绍 Conda是一种开源的软件包和环境管理软件,用于安装和转换不同版本的软件包及环境.其专为Python设计,可用于Mac.Linux和Windows系统. C ...

生信软件的下载与使用方法总结

目录

质控

FastQC

Multiqc

比对

STAR

Samtools

生成表达矩阵

FeatureCounts

生信软件的下载与使用方法总结相关推荐

最新文章

热门文章