生物信息学分析的常用软件

生物信息学分析的常用软件。值得推荐！

1) Genome Browsers

UCSD Genome Browser (@youtube@bilibili)
IGV (@youtube@bilibili)

2) DNA-seq

(2.1) Mapping and QC

Remove adaptor: cutadapt, Trimmomatic
Mapping: Bowtie2, STAR
QC: fastqc

(2.2) Mutation

Mutation discovery: GATK, Varscan
Mutation annotation: ANNOVAR

(2.3) Assembly

denovo assembly software: Trinity

(2.4) CNV

Whole Genome Seq: Control-FREEC
Whole exome Seq: CONTRA, ExomeCNV

(2.5) SV (structural variation)

structural variation: Breakdancer

3) RNA-seq

(3.1) RNA-seq

Expression Matrix: featureCounts, HTseq
Differential Expression: Deseq2, EdgeR
Alternative Splicing: rMATS
RNA Editing: RNAEditor, REDItools
...

(3.2) Single Cell RNA-seq (scRNA-seq)

4) Interactome

(4.1) ChIP-seq

(4.2) CLIP-seq

Pre-process: fastqc
Mapping: bowtie, novoalign
Peak calling: Piranha, PARalyzer, CIMS

(4.3) Motif analysis

sequence

MEME motif based sequence analysis tools http://meme-suite.org/
HOMER Software for motif discovery and next-gen sequencing analysis http://homer.ucsd.edu/homer/motif/

structure

RNApromo Computational prediction of RNA structural motifs involved in post transcriptional regulatory processes https://genie.weizmann.ac.il/pubs/rnamotifs08/
GraphProt modeling binding preferences of RNA-binding proteins http://www.bioinf.uni-freiburg.de/Software/GraphProt/

5) Epigenetic Data（表观遗传）

(5.1) ChIP-seq

Bi-sulfate data:
- Review: Katarzyna Wreczycka, et al. Strategies for analyzing bisulfite sequencing data. Journal of Biotechnology. 2017.
- Mapping: Bismark, BSMAP
- Differential Methylation Regions (DMRs) detection: methylkit, ComMet
- Segmentation of the methylome, Classification of Fully Methylated Regions (FMRs), Unmethylated Regions (UMRs) and Low-Methylated Regions (LMRs): MethylSeekR
- Annotation of DMRs: genomation, ChIPpeakAnno
- Web-based service: WBSA
IP data:
- Overview to CHIP-Seq: https://github.com/crazyhottommy/ChIP-seq-analysis
- peak calling: MACS2
- Peak annotation: HOMER annotatePeak, ChIPseeker
- Gene set enrichment analysis for ChIP-seq peaks: GREAT

(5.2) DNAase-seq

review : Yongjing Liu, et al. Brief in Bioinformatics, 2019.
peek calling: F-Seq
peek annotation: ChIPpeakAnno
Motif analysis: MEME-ChIP

(5.3) ATAC-seq

pipeline recommended by Harward informatics
peek calling: MACS2
peak annotation: ChIPseeker
Motif discovery: HOMER

6) Chromatin and Hi-C

More: Software for the ages

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