1. 从网上下载软件压缩包

在终端中使用如下命令：

ftp surfer.nmr.mgh.harvard.edu

用户名：anonymous；密码：空，即直接回车

cd pub/dist/freesurfer/4.5.0

dir

get

freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz

大约需要18个小时能下载完。

2. 把文件移到需要安装的目录下，并解压缩，如放到/usr/local

mv freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz

/usr/local

tar zxvf

freesurfer-Linux-centos4-stable-pub-v4.5.0-full.tar.gz

3. 安装tcsh

apt-get tcsh

4. 配置环境变量

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

编辑~/.bashrc文件，在最后添加下面两个语句：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

5. 基本安装

在终端运行如下命令：

export

FREESURFER_HOME=/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

此时，终端上会打印如下信息：

Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and

FSL)

FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer

FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast

FSF_OUTPUT_FORMAT nii

SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects

MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni

6. 将 .license文件复制到 $FREESURFER_HOME目录下

将进行注册的时候，收到的邮件中的 #---------------CUT

HERE---------------之间的三行复制到一个文件中，并命名为.license文件

将.license文件复制到安装目录下的freesurfer文件中

7. 安装其他库文件

cd bin

ldd tksurfer.bin

此时，会在终端打印如下信息：

linux-gate.so.1 => (0xb7f5a000)

libtix8.1.8.4.so => not found (Tix8.4 ln

-s)

libtk8.4.so => not found (TK8.4)

libtcl8.4.so => /usr/lib/libtcl8.4.so (0xb7e95000)

或者是 not found

libGLU.so.1 => /usr/lib/libGLU.so.1

(0xb7e12000)

libXmu.so.6 => /usr/lib/libXmu.so.6

(0xb7dfc000)

libGL.so.1 => /usr/lib/libGL.so.1

(0xb7d58000)

libXext.so.6 => /usr/lib/libXext.so.6

(0xb7d4a000)

libX11.so.6 => /usr/lib/libX11.so.6

(0xb7c63000)

libz.so.1 => /usr/lib/libz.so.1

(0xb7c4d000)

libcrypt.so.1 => /lib/tls/i686/cmov/libcrypt.so.1

(0xb7c1b000)

libdl.so.2 => /lib/tls/i686/cmov/libdl.so.2

(0xb7c17000)

libpthread.so.0 =>

/lib/tls/i686/cmov/libpthread.so.0 (0xb7bff000)

libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6

(0xb7b0c000)

libm.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libm.so.6

(0xb7ae7000)

libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1

(0xb7adb000)

libc.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6

(0xb798c000)

libXt.so.6 => /usr/lib/libXt.so.6

(0xb793b000)

libSM.so.6 => /usr/lib/libSM.so.6

(0xb7933000)

libICE.so.6 => /usr/lib/libICE.so.6

(0xb791b000)

libGLcore.so.1 => /usr/lib/libGLcore.so.1

(0xb6e05000)

libnvidia-tls.so.1 =>

/usr/lib/tls/libnvidia-tls.so.1 (0xb6e03000)

libXau.so.6 => /usr/lib/libXau.so.6

(0xb6e00000)

libxcb-xlib.so.0 => /usr/lib/libxcb-xlib.so.0

(0xb6dfe000)

libxcb.so.1 => /usr/lib/libxcb.so.1

(0xb6de6000)

/lib/ld-linux.so.2 (0xb7f5b000)

libXdmcp.so.6 => /usr/lib/libXdmcp.so.6

(0xb6de0000)

这样就完成了基本的安装，但是由于是Ubuntu环境，所以在测试的时候运行qdec会提示如下错误信息：

qdec.bin: error while loading shared libraries: libtiff.so.3:

cannot open shared object file: No such file or

directory

8. 解决上面出现的问题

寻找到libtiff.so.4所在路径，然后建立libtiff.o.3和libtiff.so.4之间的软连接即可。

find / -name libtiff.so.4 -print

ln -s /usr/lib/libtiff.so.4 /usr/lib/libtiff.so.3

9. 测试软件是否安装成功

recon-all --help

会打印出一些关于软件的信息

tkmedit bert orig.mgz

tkmedit bert norm.mgz -segmentation aseg.mgz

$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.tx

tksurfer bert rh pial

qdec

逐个运行上面的命令都会打开相应软件的界面

recon-all -s bert -autorecon1

会运行大概半个小时，如果没有什么问题说明软件安装成功了。

(转自http://52brain.com/forum.php?mod=viewthread&action=printable&tid=8723)