CrossMap

1. 安装

直接通过python安装（好像需要事先装有anaconda3）

python --version ##查看自己的python版本
pip3 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python3
pip3 install CrossMap --upgrade        #upgrade
pip2 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python2.7.*
pip2 install CrossMap --upgrade

查看文件所在

whereis CrossMap

/home/user/installation/anaconda3/bin/CrossMap.py

加入环境变量。这一步我没有成功；如果你也没有，不用着急，下面通过完整路径调用即可

export PYTHONPATH=/home/user/installation/anaconda3/bin/CrossMap.py:$PYTHONPATH
export PATH=/home/user/installation/anaconda3/bin/CrossMap.py:$PATH

2. 准备文件

2.1 转换参考文件chain

我是准备hg38转hg37，如果你们要转别的，在官网下载对应版本的信息。

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz

2.2 准备待转换数据

用R处理原始数据，生成bed文件。bed文件的格式说明

我的原始数据长这样

library(data.table)
dat1 <- as.data.table(read.csv("eqtl_38.csv", header=T))
dat1$chro <- paste("chr",dat1$CHR,sep="")
dat2 <- dat1[, list(chro= unique(chro), START = min(POS), STOP =max(POS)),by=SNP]
dat3 <- dat2[,-1]
write.table(dat3, "hg38.bed", row.names=F, col.names=F, quote=F)

3. 转换

bed 指明文件格式
output.txt 指明输出文件

python /home/user/installation/anaconda3/bin/CrossMap.py bed hg38ToHg19.over.chain.gz dftj.hg38.bed output.txt

注意！！！

有时候版本之间并不一一对应，有的位点可能只在高版本有！所以直接output会删除在低版本对应没有的位点，这样如果你想一一对应，就是IMPOSSIBLE！
所以，小聪明了我！

python /home/user/installation/anaconda3/bin/CrossMap.py bed hg38ToHg19.over.chain.gz dftj.hg38.bed > log.txt
head -n 10 log.txt

可以看到，没有对应高版本信息的会提示“Unmap”，这样就可以在自己的表格中一一对应回去了~！
小小的一个trick~解决了大问题啊开心！！！

觉得好用记得点赞或收藏~让更多人看到！

嘻嘻
送佛送到西，log.txt读入excel会有点问题。第三列无法直接分列

我们用stringr的str_replace()替换到这个\t

library(stringr)
dat1[,3]<- str_replace(dat1[,3], "\t", "_")

重复4次，因为一次只替换一个
然后写出文件，到excel中分列替换和vlookup

write.table(dat1, "log1.txt", row.names=F, col.names=F, quote=F)

就可以把新旧的位置一一对应了！

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