python爬取文献代码_爬取Pubmed文献及影响因子并尝试下载的脚本

Abstract

本脚本实现了通过Biopython爬取pubmed文献资料，并通过scholarscope爬取影响因子数据，最后尝试通过sci-hub下载文献，三位一体的方法。

Introduction

众所周知，在pubmed不断滑动鼠标找IF和标题比较合适的文献是很费时的事情，经常消磨学习的精力，尤其是scholarscope虽然显示了IF，但没办法在网页上过滤低IF的文章。鉴于前人脚本都没有假如IF这个因素，故本文在前人代码及自学补充的基础上，添加爬取IF的功能，为后人继续完善批量化操作提供宝贵经验。

Results and Discussion

1、通过给出关键词，返回包含PMID、Title、Journal、IF、publish_date、Abstract、DOI信息的excel表。之后就是正常excel筛选排序过滤的操作了，IF抓取失败率大概在1/10。值得一提的是，像PNAS、Angew Chem等常见杂志也会抓取失败，不过可以简单通过在IF栏筛选抓取失败的，同时在Journal栏将刊物归类排序后，保留熟悉刊物即可。Fig.1 爬取进度

Fig.2 爬取结果

2、通过DOI批量下载文献。结果不尽如人意，但作者也从pypi使用了部分包，但发现其实大家下载的成功率其实都挺低的，此部分目前有待后人的进一步研究。Fig.3 尝试下载文献pdf

Methods

依赖项

Fig.4 依赖项

Code available

https://github.com/Knight-oOf-Night/grab-pubmed-info.git

References

参考biopython文档，部分scihub相关pypi包源码，及一些requests教程

Acknowledgements

kono dio da!

python爬取文献代码_爬取Pubmed文献及影响因子并尝试下载的脚本相关推荐

python爬取文献代码_使用python爬取MedSci上的影响因子排名靠前的文献
使用python爬取medsci上的期刊信息,通过设定条件,然后获取相应的期刊的的影响因子排名,期刊名称,英文全称和影响因子.主要过程如下: 首先,通过分析网站http://www.medsci.cn ...
python爬取豆瓣代码_小白的python爬虫，40代码教你爬取豆瓣小说
这篇文章写了很久了,一直没有发布: 爬虫学的差不多了,觉得这篇文章对新手实践还是有些作用的.毕竟这也是我刚学爬虫的时候练习的,爬取了比较好爬的网站,也比较经典:多余的解释不说了,代码里每一行都有注释, ...
python爬取ppt代码_Python爬取PPT模板小工具
由于很多PPT抓取工具都会因为版本问题无法使用,所以论坛大神就自己写了这款Python爬取PPT模板小工具,可以帮助用户轻松获取各种PPT模板,使用的时候注意一次只能下载一种类型.软件仅供交流学习,下 ...
java爬取彩票数据_爬取彩票信息(有空试下)
暂且不说,彩票预测是否靠谱?彩票预测也分人而异,江湖上骗术很多,有些甚至会误以为彩票预测的准确度可以很高,这些操盘手法,让不知原理的彩民心甘情愿地掏钱买料. 在彩票预测上,也有正儿八经去研究" ...
vscode中如何拉取git代码_工具 | 手把手教你在VSCode中使用Git
在一个目录下clone项目: git clone XXXXXX.git 使用VScode 打开项目右击通过Code打开. 使用vscode提交代码 1.打开下面视图,添加一行文字: ## 测试提交 ...
git gui怎么拉取项目代码_这些Git命令都不会，还是不要去面试了
前言以下,项目中经常使用的Git命令,汇总到这里以便与你能快速的学习和掌握Git命令,在文章最后有惊喜哟,一定要看到最后啊! 使用的 Git版本:git version 2.24.0 命令 git ...
git 怎么拉去分支代码_拉取github指定分支上的代码
拉取github指定分支上的代码方法[推荐] #[0]git拉取远程代码 git clone https://xxx.git #[1]git拉取远程指定分支下代码(-b 分支名称) git clon ...
python交通流预测代码_使用ARIMA模型进行的短时交通流预测和结果分析
首先要讲的是,在短时交通流预测领域,ARIMA模型是一种相当粗糙的基于时间序列的预测方法,相应地,这种预测方法的准确性也不高.同时,ARIMA方法也不在我的研究范围内,所以本次实验就直接使用网络上现成 ...
python皮卡丘编程代码_再接再厉，用python编程13行代码解方程组（纯字符）
因为是示例为主,我们将方程组限制在二元一次方程组:x,y两个变量,两个方程.类似这样: 每个方程有两个变量,x和y,形式为:ax+by+c=d 由于这次有了两个方程,我们提取参数的代码就适合提炼为一个 ...

python爬取文献代码_爬取Pubmed文献及影响因子并尝试下载的脚本

python爬取文献代码_爬取Pubmed文献及影响因子并尝试下载的脚本相关推荐

最新文章

热门文章