R语言（ggplot2）画KEGG信号通路气泡图

1. KEGG信号通路的数据表be like⬇

需要将原始数据处理成至少包含Term\Count\pValue\EnrichmentScore四列的数据处理，上述还经过了对Count降序排序，最终保存为Excel数据，通过R语言中的openxlsx程序包来读取该数据。

2. R语言ggplot2画气泡图

2.1 R code

#修改工作路径(win下的路径使用“\\”)
setwd("C:\\Users\\Lin\\KEGG-plot")#读入Excel数据
library(openxlsx)
data_kegg<-read.xlsx("up-KEGG.xlsx",sheet = 1)#查看数据列名
colnames(data_kegg)
dim(data_kegg)#ggplot2画气泡图，修改横坐标的名称为“Enrichment Score”，scale_color_gradient设置蓝红配色
library(ggplot2)
ggplot(data_kegg,aes(x=EnrichmentScore,y=Term))+geom_point(aes(size=Count,color=pValue))+theme_bw()+labs(y="",x="Enrichment Score")+ scale_color_gradient(low="blue",high="red")#修改气泡图横向缩放度：coord_fixed(ratio=1/200)
ggplot(data_kegg,aes(x=EnrichmentScore,y=Term))\
+geom_point(aes(size=Count,color=pValue))\
+theme_bw()\
+labs(y="",x="Enrichment Score")\
+scale_color_gradient(low="blue",high="red")\
+coord_fixed(ratio=1/200)

3. 结果展示图

R语言（ggplot2）画KEGG信号通路气泡图相关推荐

R语言ggplot2作图及代码（气泡图、热图、箱图、蜜蜂图、玫瑰图、地图等）
16个ggplot图形及源码加载相关R包 library(ggplot2) library(reshape2) library(lattice) library(car) library(tidyv ...
R语言ggplot2画个月饼送给你
library(ggimage) library(ggplot2) library(patchwork) ggplot()+geom_image(aes(x=1,y=1)
r语言ggplot2一夜多图_跟着Nature microbiology学画图~R语言ggplot2画直方图
今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain va ...
R语言ggplot2画一幅漂亮的哑铃图
在找资料的时候偶然发现的这个图,这个图来源于论文 Russian periphery is dying in movement: a cohort assessment of internal you ...
使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码
气泡图是在笛卡尔坐标系同加入大小的参数所形成的可以表示三个变量关系的图例.在对基因完成GO/KEGG分析后,使用气泡图可以直观的展示pathway.pvalue.count之间的关系.下面为使用R语言 ...
R语言ggplot2可视化气泡图：无填充色的气泡图、自定义填充色的气泡图
R语言ggplot2可视化气泡图:无填充色的气泡图.自定义填充色的气泡图目录 R语言ggpl
R语言ggplot2可视化气泡图（bubble plot）、将可视化图像的图例（lengend）放置在图像底部、图例水平方向排布(horizontal direction)、图例标题在图例标签顶部
R语言ggplot2可视化气泡图(bubble plot).将可视化图像的图例(lengend)放置在图像底部.图例水平方向排布(horizontal direction).图例标题在图例标签顶部(l ...
R语言ggplot2可视化、在一张图中画出两条曲线（two lines in same ggplot2 graph）、使用pdf函数将ggplot2可视化图像保存到指定目录的pdf格式文件中
R语言ggplot2可视化.在一张图中画出两条曲线(two lines in same ggplot2 graph).使用pdf函数将ggplot2可视化图像保存到指定目录的pdf格式文件中目录
[置顶]R语言 ggplot2包
R语言 ggplot2包的学习分析数据要做的第一件事情,就是观察它.对于每个变量,哪些值是最常见的?值域是大是小?是否有异常观测? ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图 ...

R语言（ggplot2）画KEGG信号通路气泡图

R语言（ggplot2）画KEGG信号通路气泡图

1. KEGG信号通路的数据表be like⬇

2. R语言ggplot2画气泡图

2.1 R code

3. 结果展示图

R语言（ggplot2）画KEGG信号通路气泡图相关推荐

最新文章

热门文章