R语言---下载R包提示00LOCK-dplyr解决

R语言—下载R包提示00LOCK-dplyr解决

1.遇到问题（R版本3.5.1）

在使用其他软件的时候会调用R包dplyr，当时提示这个软件包版本不够，会影响其他软件的使用。因此需要升级这个R包，当时想的是删除当前版本，然后下载一个新的版本。

使用remove.packages("dplyr")删除，之后下载使用install.packages("dplyr")，报错如下：

ERROR: failed to lock directory ‘/data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library’ for modifying
Try removing ‘/data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library/00LOCK-dplyr’
Warning in install.packages :installation of package ‘dplyr’ had non-zero exit status

2. 搜索问题

搜索这个问题时，尝试了几个方法都没有解决，看到下面的链接：

https://github.com/stan-dev/rstanarm/issues/543

按照里面的方法，删掉LOCK文件；

rm -rf /data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library/00LOCK-dplyr

3. 尝试本地安装

由于环境中的R目前是R3.5.1，所以先尝试本地安装吧，毕竟R更新的版本太多了。

## 下载source package
wget -c https://cran.r-project.org/src/contrib/dplyr_1.0.8.tar.gz## 进入R环境
R## 尝试本地安装
> install.packages("./dplyr_1.0.8.tar.gz",type="source",repo=NULL)
ERROR: dependencies ‘generics’, ‘lifecycle’, ‘vctrs’ are not available for package ‘dplyr’
* removing ‘/data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library/dplyr’
Warning message:
In install.packages("./dplyr_1.0.8.tar.gz", type = "source", repo = NULL) :安装程序包‘./dplyr_1.0.8.tar.gz’时退出狀態的值不是0

从上面可以看到，存在三个依赖包，直接下载出现报错：

> install.packages(c("generics", "lifecycle","vctrs"))
Warning message:
packages ‘generics’, ‘lifecycle’, ‘vctrs’ are not available (for R version 3.5.1)

手动下载：

wget -c https://cran.r-project.org/src/contrib/generics_0.1.2.tar.gz
wget -c https://cran.r-project.org/src/contrib/lifecycle_1.0.1.tar.gz
wget -c https://cran.r-project.org/src/contrib/vctrs_0.3.8.tar.gz

进入R中手动安装这三个包，lifecycle和generics成功安装，vctrs安装失败，提示报错，缺少依赖包ellipsis：

> install.packages("./vctrs_0.3.8.tar.gz", type="source", repo=NULL)
ERROR: dependency ‘ellipsis’ is not available for package ‘vctrs’
* removing ‘/data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library/vctrs’
Warning message:
In install.packages("./vctrs_0.3.8.tar.gz", type = "source", repo = NULL) :安装程序包‘./vctrs_0.3.8.tar.gz’时退出狀態的值不是0

本以为安装完上面vctrs的依赖就可以了，结果发现后面依然依赖了一堆的包，我觉得这很可能是R版本太老了导致的，最终选择放弃该版本下载，使用conda重新创建一个R环境，下载即可。

记录

注意，经过上面的操作发现，太陈旧的R版本（R3.5.1）会引起R包安装问题。
当时下载的R包是复合当时环境的，现在下载的R包要求更高版本的依赖包了，所以需要更新完依赖包才行，对于依赖过多的R包，应该及时放弃。