如何用mega11进行进化树分析

1.安装mega11

这个比较简单，我就不细说了

2.使用步骤

2.1：打开mega11后，如果你要做进化树分析，切记，右下角选择ANALYZE

2.2
选择Edit 菜单下的Insert Sequence From File
**
2.3
Creat a new alignment

2.4
根据实际情况选择DNA或者protein，这里我们选择protein

2.5
可以把一些对的不整齐的删除掉

2.6
序列比对，选择Ailgn by ClustalW

2.7
序列比对，参数按照默认就行

2.8
导出为Mega Format，然后将当前的页面关闭

2.9
选择data菜单中的open a File/Session

2.10
总共有三种方法，分别是邻接法，最大似然法，最小进化法，这里我选择邻接法

2.11
bootstrap replicaitons设置为1000
number of threads自己根据实际情况自己设置

2.12
导出为nwk格式

2.13

2.14
另存为nwk格式

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