Entrez ID 和 gene symbol 和 Ensembl ID转换
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bioDBnet - Biological Database Network
db2db模块可以非常方便地实现各种ID之间的转换,当然 bioDBnet的功能有很多,可以试试。
手动迁入编程版
library(AnnotationDbi)
library(org.Hs.eg.db)
library(tidyverse)
如果你有基因
gene <- c("SDC1","CXCL2","CYR61","PSMD2","GRB2","CMTM1","CTSE","VEGFC","CBL")
想知道其对应的ENTREZ ID 或者 ENSEMBL ID
第一种方法 :select
select(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包keys=gene,columns=c("SYMBOL","ENSEMBL","GENENAME"), #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么,这里选择三个。keytype="SYMBOL" )
第一种方法 :mapIds
mapIds(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包keys=gene,column="ENTREZID", #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么,只能选择一个。keytype="SYMBOL" )
第三种方法
mget(gene,org.Hs.egSYMBOL2EG, ifnotfound=NA) %>% unlist()
g<- mget(gene,org.Hs.egSYMBOL2EG, ifnotfound=NA) %>% unlist()
mget(na.omit(g) ,org.Hs.egENSEMBLTRANS, ifnotfound=NA) %>% unlist()
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