根据SNP的位置从基因组提取上下游序列

代码如下：

#!/usr/bin/perl -wuse strict;die "perl $0 <vcf> <genome>" if(@ARGV == 0);#Author:yueyao@genomics.cnmy $vcf=shift;
my $genome=shift;my%hash;
my $id;
open GENOME,$genome or die $!;
while(<GENOME>){chomp;if(/^>/){$id=$_;$id=~s/>//;$id=~s/ //g;}else{$hash{$id} .= $_;}
}
close GENOME;my@temp;
my$pos;
my$start;
my$end;
my$len;
my$seq;
my$fetchseq;
my($refindelseq,$altindelseq,$upseq,$downseq,$downstart,$refindellen,$upend,$upstart);
open VCF,$vcf or die $!;
while(<VCF>){chomp;next if(/^Chr/);@temp=split/\t/;if(exists $hash{$temp[0]}){$seq=$hash{$temp[0]};$pos=$temp[1];$refindelseq=$temp[3];$altindelseq=$temp[4];$refindellen=length($refindelseq);$upstart=$pos-1-100;$upend=$pos-1;$upseq=substr($seq,$upstart,100);$downstart=$pos+$refindellen-1;$downseq=substr($seq,$downstart,100);$end=$pos+100+$refindellen-1;print "$_\t>$temp[0]_$upstart\_$end\t$upseq\[$refindelseq/$altindelseq\]$downseq\n"}
}
close VCF;

转载于:https://www.cnblogs.com/raisok/p/11457083.html

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