一个基因或一种蛋白质

1、在DNA水平上

这个基因的基因组位置是什么？
它是否有串联复制的副本？
基因的外显子/内含子结构是什么？
基因内是否有可转座子元素？
表观遗传学条例？
转录因子结合？

geneXplain TRANSFAC功能数据库（转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的profiles的数据库）
Softberry在线比对寻找生物启动子和启动子模型

2、在转录层面

该基因是否有替代剪接？
该基因是否有替代启动子？
替代多腺苷酸化部位？
RNA编辑？
转录效率和GC含量？
由miRNAs调节？反义RNAs？piRNAs？

miRBase数据库（提供了285个物种中已知的所有miRNA信息）

该基因的表达模式是什么？

GEO，国际公共数据库（收录并整理了全球范围内研究工作者上传的微阵列芯片、二代测序及其他形式的高通量基因组数据）
ENCODE，DNA元素百科全书（为了解基因组当中的调控反应，利用高通量的测序技术来进行分析的

GTExPortal，基因的多器官组织表达量分布图

RNA修饰是否影响基因的功能？

THE RNA INSTITUTE，RNA Modification Database，收录RNA

3、在蛋白质水平上

该蛋白是否有保守的结构域？
该蛋白的亚细胞定位是什么？
二级结构？
三维结构？
蛋白质变性？
与其他蛋白质的相互作用？

RCSB PDB，蛋白质结构数据库
UniPort，蛋白质数据库（包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引，EBI）
THE HUMAN PROTEIN ATLAS，人类蛋白图谱（查询蛋白在各种组织、细胞中的表达）
SMART（用于蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具，数据与UniProt、Ensembl和STRING数据库同步）
ExPASy（大型综合性在线工具，用于生物信息学的在线工具合集，从基因组学、蛋白质组学和结构生物学，到进化和系统发育、系统生物学和医学化学，自动与每个资源的最新版本保持一致）

一组基因/蛋白质

序列相似性搜索，多重序列比对

Clustal多重序列比对

系统发育树的构建——MEGA等
常见motif搜索

TRANSFAC功能数据库
MEME suite，motif挖掘和分析工具（从批量数据中鉴定出某些保守的motif）
WEBLoGo（基于多序列比对，以图形的形式将保守区域展示出来，总高度表示此位置上的序列保守性，单个碱基代表出现的频率。seqlogo图可以直观清晰的反应序列偏好特征，每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性，每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。这种表现方式对研究转录因子结合、RNA修饰等有重要指导意义，时常被应用到论文中）

调节通路/机理分析——DAVID、Gene spring、Pathway Studio

DAVID（在线免费分析软件，可以为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，主要用于差异基因的功能和通路富集分析）
Gene ontology consortium（适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。分别从分子功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述，一个基因对应有一个或多个GO term（GO功能），一个term对应多个gene。）
GOEAST（生成具有详细信息的表格和图形输出、支持对最多3个实验的GO术语富集状态进行比较、支持对最多3个实验的GO术语富集状态进行比较）

芯片

检查杂交数据的质量
鉴定差异表达基因（Bioconductor， GeneSpring）
异表达基因之间的相关性（Pathway调控–DAVID；Gene function correlations功能–Gene Ontology）

高通量测序数

ISRNA
Expression Atlas（查询基因、lncRNA、microRNA等分子在各种条件、各种疾病中的本底和差异表达）
GENEVESTIGATOR，基因研究的网站（查看大量关于基因研究的数据和文章，例如基因表达、数组表达式等，还有关于生物扰动作用和相关研究报告等信息）

一系列测序数据

galaxy线生信分析平台
genepattern（强大的基因组学分析平台,该平台整合了大量的基因表达分析、蛋白质组学分析、SNP分析、流式细胞分析、RNA-seq数据分析等）
Plob（专注于生物信息相关领域“图书馆”,它主要专注于收集、整理和记录生物信息学、基因组学、转录组学、蛋白质组学等相关领域的资料）
BioGRID（公开的数据库，主要记录、整理包括蛋白、遗传和化学互作的数据，涵盖人类和所有主要的模式生物。）

生物学问题

找出与你的问题相关的基因/蛋白质
使用所有可用的工具和资源(BioTools技术服务)

Tufts
Github

自学生物信息学（思维+超全常用网站）相关推荐

史上最全的Linux常用——目录和文件管理命令——收藏这一篇就够了！（超全，超详细）
史上最全的Linux常用--目录和文件管理命令--收藏这一篇就够了!(超全,超详细) Linux目录结构命令查看文件内容:-cat 查看文件内容:-more 查看文件内容:-less 查看文件内容 ...
python excel库pip install_超全整理｜Python 操作 Excel 库 xlwings 常用操作详解！
原标题:超全整理|Python 操作 Excel 库 xlwings 常用操作详解! 来源:早起Python 作者:陈熹.刘早起大家好,我是早起. 在之前的文章中我们曾详细的讲解了如何使用openp ...
初中数学分几个模块_谁整理的？超全初中数学四大板块思维导图汇总，初中生请签收！...
原标题:谁整理的?超全初中数学四大板块思维导图汇总,初中生请签收! 初中数学是中考七大科目中重要的科目,在中考七大科目中占据120分的分值,对于初中数学学习,我们不但要对初中数学学科知识和课程标准透彻 ...
一个超全的数学资源网站(转贴)
一个超全的数学资源网站(转贴) 中文数学专业网站:博士家园 http://www.math.org.cn http://www.bossh.net 数理逻辑.数学基础:http://www.dis ...
CTF|密码学常用网站超详细汇总
CTF之密码学常用网站汇总 CTF中那些脑洞大开的编码和加密 https://www.tuicool.com/articles/2E3INnm 一篇文章彻底弄懂Base64编码原理 https://b ...
北京常用电话！超全！！！
北京常用电话!超全!!! 市长热线:12345 65128088 反扒热线:64011327 火警:119 交通伤急救热线:6 ...
【资源干货】超全！我常用的70个数据分析网址
点击上方,选择星标或置顶,不定期资源大放送! 阅读大概需要6分钟 Follow小博主,每天更新前沿干货转自:小蚊子数据分析今天给大家分享的这篇文章,更像是一份数据分析常用网站字典,一共70个,可视 ...
超全网址分享：常用的 70 个数据分析网址
今天给大家分享的这篇文章,更像是一份数据分析常用网站字典,一共70个,可视化.词频词云.PPT模板等等面面俱到,值得收藏. 数据可视化工具百度ECharts http://echarts.bai ...
超全！我常用的 70 个数据分析网址
来源:小蚊子数据分析今天给大家分享的这篇文章,更像是一份数据分析常用网站字典,一共70个,可视化.词频词云.PPT模板等等面面俱到,值得收藏! 数据可视化工具百度ECharts http:// ...

自学生物信息学（思维+超全常用网站）

如果你有以下情况，你可以做什么？