转录组拼接软件Trinity使用安装报错锦集

2024-05-17 04:41:58

由于要做无参转录组分析，所以就要使用trinity来做reads的拼接。
但是自己安装trinity时遇见了一堆问题，最终一一解决，解决方案分享在下面。

最开始我去github看Trinity的wiki，它给出直接编译的方案来安装trinity，但是很不幸，我使用cmake的时候，系统报错缺cmake,而且我没有root权限装很麻烦，所以我就换了一个方法，用conda装。

conda install trinity

我用conda装好之后，以为就可以好好使用了，但是。。。调用的时候出现了挺多的错误

出现的第一个错误 samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5

这个错误明显是samtools的问题，于是我看了一下现在用的samtools的版本是1.9 ，其中还有一个错误提示是让我用samtools的1.3 version，于是，我用conda把samtools版本降到了1.3

conda install samtools=1.3

降了版本之后再调用trinity 就没出现samtools的报错问题了

虽然这个问题解决了，但是当我重新调用trinity的时候，又出现了下面这个问题

出现的第二个错误 ERROR: couldn’t run the network check to confirm latest Trinity software ver

我的解决方法是，在命令中加入一个 --no_version_check
就像这样：

/home/miniconda3/bin/Trinity --seqType fq --no_salmon --max_memory 150G --no_version_check \--left f5_R1.fq.gz \--right f5_R2.fq.gz \--CPU 12 \--output /home/zhaoll/zhangbin/chuli_data/trinity_out_dir

于是这个错误成功解决了。

但是很不幸，我继续运行trinity 又出现了这个错误：

出现的第三个错误 Error, cannot locate file: at miniconda3/bin/Trinity

为什么无法定位呢？？
查了一下资料，biostar上的这位仁兄给出的解决方案是用conda创建一个环境，在新建的环境里面安装trinity
（https://www.biostars.org/p/340588/）

于是我就这样做：

conda create -n trinity
source activate trinity
conda install -c bioconda trinity

新建环境之后，我重新调用trinity，就正常运行啦

/home/miniconda3/envs/trinity/bin/Trinity --seqType fq --no_salmon --max_memory 150G --no_version_check \--left f5_R1.fq.gz \--right f5_R2.fq.gz \--CPU 12 \--output /home/zhaoll/zhangbin/chuli_data/trinity_out_dir

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