phonopy 安装与使用说明

1. phonopy 使用说明

由于服务器已经安装了anaconda2，Linux系统中会自带一个Python2的环境，也就是（base）。

但是phonopy2.14.0版本需要python>=3.7.0，而且不能删除anaconda2，因此只能在虚拟环境中安装anaconda3。

但是直接从（base）环境进入（py3）环境后，输入python，显示python版本还是2.7.11，而不是3.7.0。

所以要先退出（base）环境，再进入（py3）环境。

Linux命令如下：

conda deactivate
source activate py3
phonopy

若显示如下，则说明可以使用phonopy。

进入POSCAR文件所在的文件夹下，执行扩胞命令，查看是否正常生成文件

cd ajq/Hg3B2O6/phonon/
phonopy -d --dim="3 3 1"
ls

不需要使用phonopy时，还需要恢复到原先的（base）环境。

conda deactivate
source activate base

2. phonopy2.14.0 安装教程

由于Linux服务器已经安装了anaconda2，Linux系统中会自带一个Python2的环境，也就是（base）。

但是phonopy2.14.0版本需要python>=3.7.0，而且不能删除anaconda2，因此只能在虚拟环境中安装anaconda3。

并在虚拟环境（py3）中安装phonopy。

2.1 下载anaconda3, phonopy2.14.0, spglib1.16.3

anaconda3下载：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/

可以通过安装anaconda，在安装python的同时安装一些常用的python第三方库。还可以用conda命令来管理虚拟环境和环境中的python库。

Anaconda的官方安装网址在https://www.continuum.io/downloads/，但是需要翻墙才能访问。

如果无法翻墙，下载Anaconda安装包的另一种方法是去清华的开源软件镜像站。

从清华镜像站上下载需要的anaconda3版本，x86是32位的，x86_64是64位的。我用的是下面第二个：Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh。

phonopy2.14.0下载：https://pypi.org/project/phonopy/#files

由于服务器不能连接外部网络，需要从pypi官网下载 phonopy-2.14.0.tar.gz的本地离线安装包。
spglib1.16.3下载：https://pypi.org/project/spglib/#files

spglib 是安装 phonopy 的依赖项，而且anaconda中没有这个python库。

同时服务器不能连接外部网络，所以需要从pypi官网下载 spglib 的本地离线安装包。

之前下载的anaconda的版本是3.7.0，所以应该从以下三个文件中下载，进过测试第三个可以在我们的服务器上安装，前两个不行。

2.2 安装anaconda3

由于Linux服务器已经安装了anaconda2，Linux系统中会自带一个Python2的环境，也就是（base）。

但是phonopy2.14.0版本需要python>=3.7.0，而且不能删除anaconda2，因此只能在虚拟环境中安装anaconda3。

将下载好的Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh放在服务器的根目录下，进入该目录。

执行下面的命令：

安装anaconda3环境，创建环境名为py3（这个可以自己单独设定），命令为：

bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/anaconda2/envs/py3

检查是否成功安装py3环境，显示所有的环境以及当前所在的环境。

conda info --envs # 或者 conda info -e

直接从（base）环境进入（py3）环境后，输入python，显示python版本还是2.7.11，而不是3.7.0。所以要先退出（base）环境，再进入（py3）环境。

conda deactivate
source activate py3

这里就很奇怪，我看别人的教程就可以直接从（base）环境进入（py3）环境，我就不可以

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