R语言STAMP-丰度差异比较图
代码来源:
(1条消息) R语言完美重现STAMP结果图_刘永鑫Adam的博客-CSDN博客
先看一下STAMP软件中的丰度差异比图的参数有那些
看到上面的P值过滤条件是选择0.05,最重要的是上面有一个多次矫正方法选择,软件里面是没有选择的,代码是有选择的
唯一要做调整的就是平均丰度低于1%,STAMP软件没有做这样的调整。
后面根据代码得到的结果图,不难看出结果存在一定的偏差
其实我最开始用STAMP软件,没有选择显著性检验方式,结果显示的是九个,选择后就是七个,但是后面重新导入文件的时候,结果就一直是九个,后面发现是没有进行校正,选择一样的P值校正方式,结果是一样的,不过软件的精确度保存不同。
仔细看这里要选择跟代码一样的校正方式
代码编写的程序要方便很多,尤其是在做多组分析的时候,不用像软件要一个一个保存。
R语言STAMP-丰度差异比较图相关推荐
- R统计绘图-随机森林分类分析及物种丰度差异检验组合图
此文主要涉及随机森林组间变量重要性和物种丰度差异检验绘图,包含以下几部分内容: 1)随机森林分类: 2)随机森林分类变量重要性绘图: 3)物种丰度差异检验绘图 4)随机森林分类变量重要性及物种丰度差异 ...
- R语言ggplot2可视化:可视化华夫饼图(Waffle Chart) 、华夫饼图可以直观地显示完成度(百分比)或者部分占整体的比例、华夫饼图适合于同类型指标的比较(Waffle Chart)
R语言ggplot2可视化:可视化华夫饼图(Waffle Chart) .华夫饼图可以直观地显示完成度(百分比)或者部分占整体的比例.华夫饼图适合于同类型指标的比较(Waffle Chart) 目录
- R语言ggplot2可视化:可视化斜率图、对比同一数据对象随着时间推移多个状态的差异(Slope Chart)、例如、对比不同癌症5年期、10年期、15年期存活率的差异
R语言ggplot2可视化:可视化斜率图.对比同一数据对象随着时间推移多个状态的差异(Slope Chart).例如.对比不同癌症5年期.10年期.15年期存活率的差异 目录
- R语言使用pROC包在同一图中绘制两条ROC曲线并通过假设检验检验ROC曲线的AUC或者偏AUC的差异(输出p值)
R语言使用pROC包在同一图中绘制两条ROC曲线并通过假设检验检验ROC曲线的AUC或者偏AUC的差异(输出p值) 目录
- 如何在R语言中建立六边形矩阵热图heatmap可视化
原文链接:http://tecdat.cn/?p=18879 这是一个六边形热图可视化程序,主要用到的知识RColorBrewer,fields,也就是R中的可视化绘图库(点击文末"阅读原文 ...
- R语言ggplot2可视化分组的重叠图实战:grouped overlay plot
R语言ggplot2可视化分组的重叠图实战:grouped overlay plot 目录 R语言ggplot2可视化分组的重叠图实战:grouped overlay plot #仿真数据
- R语言ggplot2可视化:可视化箱图、在箱图中添加抖动数据点(Dot + Box Plot)、自定义抖动数据点的大小、颜色、数据点分布在箱图中间、添加主标题、副标题、题注信息
R语言ggplot2可视化:可视化箱图.在箱图中添加抖动数据点(Dot + Box Plot).自定义抖动数据点的大小.颜色.数据点分布在箱图中间.添加主标题.副标题.题注信息 目录
- R语言plot函数散点图、密度图实战
R语言plot函数散点图.密度图实战 目录 R语言plot函数散点图.密度图实战 #仿真数据 #散点图中添加回归线
- R语言ggplot2可视化:为箱图的均值进行连线、将多个分组的均值连接起来Joining means on a boxplot with a line
R语言ggplot2可视化:为箱图的均值进行连线.将多个分组的均值连接起来Joining means on a boxplot with a line 目录
最新文章
- 天命剑之天命的含义--天行有悖,乃命羲和。
- php 模板使用,TMDPHP 模板引擎使用教程
- Git提交代码时报 Please tell me who you are
- walletconnect
- 2009年9月三级网络技术考前预测_填空题部分
- MYSQL驱动包升级到5.1.17版本之后会出现的问题
- 加密与安全 - Java加密与安全
- apache 设置404 页面_SpringBoot自定义错误页面
- 关于Django的搭建
- python3哪个版本稳定-python3哪个版本稳定
- Koa中使用art-template模板引擎,以及如何接受post请求等
- 并行分布式运维工具pdsh
- omnicppcomplete php,vim 中OmniCppComplete的安装和使用
- Auto.js 读写txt文件
- 微信公众号文章排版php,微信内容排版工具总结
- 改变电阻的c语言程序,c语言电阻器分类代码实现
- 国际市场营销知识框架图_留学热门 | 伦敦里士满大学市场营销本科专业
- 如何在Mac Finder中查找/Usr 路径?
- vue项目报错:warning Disallow self-closing on HTML void elements (<img/>)
- 北航计算机控制系统实验报告,北航计算机控制系统实验报告教程.doc