R统计绘图-随机森林分类分析及物种丰度差异检验组合图
此文主要涉及随机森林组间变量重要性和物种丰度差异检验绘图,包含以下几部分内容:
1)随机森林分类;
2)随机森林分类变量重要性绘图;
3)物种丰度差异检验绘图
4)随机森林分类变量重要性及物种丰度差异组合图
1. 数据准备
此处使用包含分类信息的虚构微生物otu数据,用于构建随机森林分类模型。
# 1.1 导入数据
setwd("D:\\EnvStat\\公众号文件\\随机森林分析") # 设置工作路径
##后续合并数据表时,物种名必须一样,
##所以导入的数据表尽量不要有特殊符号。
#dir()
#file.show("otu.csv")
otu = read.csv("otu.csv",row.names = 1,header = TRUE,check.names = FALSE,stringsAsFactors = FALSE) # 微生物组数据
dim(otu)
head(otu)
图1|原始otu表,otu.csv。前两列为分类信息,后面分析只使用depth分类信息。
R统计绘图-随机森林分类分析及物种丰度差异检验组合图相关推荐
- R统计绘图 | 物种组成冲积图(绝对/相对丰度,ggalluvial)
一.数据准备 数据使用的不同处理土壤样品的微生物组成数据,包含物种丰度,分类单元和样本分组数据.此数据为虚构,可用于练习,请不要作他用. # 1.1 设置工作路径 #knitr::opts_knit$ ...
- R统计绘图-PCA详解1(princomp/principal/prcomp/rda等)
此文为<精通机器学习:基于R>的学习笔记,书中第九章详细介绍了无监督学习-主成分分析(PCA)的分析过程和结果解读. PCA可以对相关变量进行归类,从而降低数据维度,提高对数据的理解.分析 ...
- R统计绘图 | 物种组成堆叠柱形图(绝对/相对丰度)
一.数据准备 数据使用的不同处理土壤样品的微生物组成数据,包含物种丰度,分类单元和样本分组数据.此数据为虚构,可用于练习,请不要作他用. # 1.1 设置工作路径 #knitr::opts_knit$ ...
- R统计绘图-变量分组相关性网络图(igraph)
一.数据准备 数据是21个土壤样本的环境因子,细菌和真菌丰度数据. library(tidyverse) library(igraph) library(psych) ### 1.1 观测-变量数据表 ...
- R统计绘图 | 物种组成堆叠面积图(绝对/相对丰度,ggalluvial)
一.数据准备 数据使用的不同处理土壤样品的微生物组成数据,包含物种丰度,分类单元和样本分组数据.此数据为虚构,可用于练习,请不要作他用. # 1.1 设置工作路径 #knitr::opts_knit$ ...
- R统计绘图-多元线性回归(最优子集法特征筛选及模型构建,leaps)
此文为<精通机器学习:基于R>的学习笔记,书中第二章详细介绍了线性回归分析过程和结果解读. 回归分析的一般步骤: 1. 确定回归方程中的自变量与因变量. 2. 确定回归模型,建立回归方程. ...
- R统计绘图-多元线性回归(平均加权模型/最优子集筛选,MuMIn)
此文介绍如何使用MuMIn包使用最优子集法进行多重线性回归的模型筛选以及模型平均.多重线性回归需要进行的数据检验过程都写在R统计绘图-多重线性回归(最优子集法特征筛选,leaps)中了.大家可以自行查 ...
- R统计绘图-VPA(变差分解分析)
变差分解分析(Variance Partitioning Analysis)可用于确定指定环境因子对微生物(原生生物/植物/动物等等)群落结构变化的解释比例.要计算指定环境因子与群落结构的相关性,就需 ...
- R统计绘图-PCA分析绘图及结果解读(误差线,多边形,双Y轴图、球形检验、KMO和变量筛选等)
虽然PCA和RDA分析及绘图都写过教程,但是对于结果的解释都没有写的很详细,刚好最近有人询问怎样使用FactoMineR factoextra包进行PCA分析.所以使用R统计绘图-环境因子相关性热图中 ...
最新文章
- 伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校
- 2021 - 9 -下旬 数据结构- 线性表 -双端循环队列 - java实现
- 利用aircrack-ng工具获取附近wifi的密码
- 解决Ajax不能跨域的方法
- Java中数据类型的取值范围
- GARFIELD@01-19-2005
- oracle的perfstat用户,安装statspack的最后一步出错:ORA-01918: 用户'PERFSTAT'不存在
- WPF事件,路由事件
- Python实战(3)指定的文本列求和求平均
- 如何设置程序默认“以管理员身份运行”
- 电子教室软件 android,【转载】退出极域学生端电子教室教程9种方法
- SQL2019 用户sa‘登录失败(错误18456)
- mysql索引类型normal,unique,full text,索引方式btree索引和hash
- 平板电脑如何刷linux,平板电脑刷windows的方法是什么_如何把平板刷windows图文步骤...
- zz什么是beacons - 在Web Analytics中的应用(网站分析的灯塔)
- Python实现图像直方图规定化(直方图匹配)-附完整代码
- 花滑三周连跳_三周半+四周跳来势汹汹 花滑女单将迎难度巨变?
- javacv实现屏幕录制(一)
- Java 使用 long 出现空指针异常
- 免费跨行转帐攻略[转]