北京大学生物信息学(3)

北京大学生物信息学(同源性，相似性，相似矩阵)
如何使用计算机来识别相似性，使用相似矩阵

多序列比对
蛋白质打分比对矩阵
常用的蛋白比对的算法BLOSUM

蛋白质的演化过程

PAM2表示从A2步到A的概率，如从A 2步到A 表示从A 1步到A、B、C，然后再1步到A的概率

关于PAM矩阵的计算，矩阵的乘法

氨基酸的相似性矩阵
比对序列的差异大小，差异大常用BLUOSUM45，常用的是62，比较差异小，用BLUSOM80。

计算机识别的方式 Dot matrix

Dot matrix (最基本的是把2条序列写在2边，标出对应残疾相同的位置，对角线方向有连线，表示匹配上，反向匹配表示再反向对角线上)

word size 表示多少个联系多少个残疾才算匹配上，
Dot matrix只关心局部的几位碱基构成的word 是否匹配，而动态规划中关心整体globle 的匹配状态。

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