go kegg_玩转GO和KEGG富集因子图的N种姿势： 3种数据处理（含在线筛选条目），3种排序方式，本地交互图片...

适用场景

富集性分析是各组学进行数据分析的必备分析项，其中，尤以GO和KEGG富集因子图最为常见，见封面图。这张图非常经典，相比于其他富集分析结果，它包含了基因数目、p值和富集因子三个维度的信息量，更全面，更能辅助下结论。

得到这张图有两种方式：

1. 从挑选基因开始做富集性分析，做完一套分析得到此图； 针对这个需求，出门左转，请使用【通用版富集分析】

通用版富集性分析www.omicstudio.cn

2. 在富集性分析的基础上进行调整，包括基于这个结果重新选择数据绘制（一般默认绘制p值最小的前20项），数据在图中的排布方式，以及颜色字号调整等美化方案：

KEGG富集因子图www.omicstudio.cn

本文主要基于第二种方式，关于第一种方式，刚刚进行了全面更新上线，增加了大量在线个性化调整的控件，后续会发文详细介绍，敬请期待哦。

3种数据处理方式

这张图的数据处理方案不是唯一的：比如默认是按p值从小到大前20项，那如果我关心的条目排位在第21个，是不是就不能画了呢？比如我不想按照p值来进行筛选，是否可以只画我关心的条目，即使他们的统计学条件并不显著？比如除了p值，就不能用富集因子来进行筛选了么？

基于以上问题，本工具提供了3种数据处理方案：

1.按输入顺序绘制；2.按阈值筛选：p值和富集因子；3.自定义通路：即在线筛选条目

在实际应用场景中，如果想要绘制特定通路，自己整理数据是一个比较麻烦的过程，在这个云工具中省力很多，只要上传全表，在线填写您关注的条目，即可自行筛选绘制。

更详细内容的看视频即可：

知乎视频www.zhihu.com

3种排序方式

排序方式看个人喜好和想表达的观点。本工具提供按p值排序（左）、按富集因子排序（右）和自定义排序三种方式。

按p值排序的话，点的颜色按渐变方式排布；按富集因子排序的话，点的坐标轴位置是规整排布的。一般来说，p值比富集因子更重要一些，所以默认按p值排布。以富集因子排布也没问题，两张图所呈现的信息量是相同的，详细内容见视频。

知乎视频www.zhihu.com

本地交互图片

此工具有在线互动图，点击图中【互动版】即可。如图，此模式下鼠标悬停可以看到点的更多信息。

当然，考虑到每次想用互动版的时候都要用云工具重新作图非常不方便，这里也提供了本地互动模式：在下载的结果中找到html文件，无需联网也可互动。

上图是在线互动版，下图是本地互动版（下载结果中的html文件），看浏览器地址，与云平台无关，可离线调试：

这个模式的推荐打开方式是把所有通路都画出来。

一般作为论文图片的要求，我们只能绘制部分主要结果，而在实际科研过程中，我们是先探索数据，有了结论最后再画图的。本地交互模式非常适合用于探索数据：数据太多可以缩放浏览器页面（Ctrl+滚动鼠标滚轮）进行调整，想看清局部数据可选中一块矩形区域，会自行放大，双击恢复。详细内容见视频。

本地互动版，推荐绘制所有数据

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