Interpro 安装问题
在安装Interpro过程种竟然遇到了不少的问题,故写此文,方便自己和各位同仁。
问题:
Warning !! : File /interpro/iprscan/data/smart.desc does not exist, skipping (you may want to check your installation)!
最初以为是这个问题导致interpro安装不成功,后来才发现,其实这个问题不会导致安装不成功,我觉得应该是最新的数据库已经去掉了smart的这2个文件(还有smart.overlaps).
接着后续的问题来了,出现ERROR: Problem during the conversion of file using /interpro/iprscan/bin/binaries/hmmconvert -b /interpro/iprscan/data/sf_hmm.bin : No such file or directory
我觉得这个非常诡异,因为如果把上面的命令部分输入shell,是能够成功执行没有问题的。
仔细看屏幕输出,发现这样一条信息:/bin/sh: Syntax error: Bad fd number
google,终于找到问题的来源:
我用的是Ubuntu,Ubuntu的/bin/sh 链接到dash 环境,而Interpro安装脚本默认是用的bash,所以导致了兼容性的问题。
sudo rm /bin/sh sudo ln -s /bin/bash /bin/sh
重新运行脚本,问题解决!!
Interpro 安装问题相关推荐
- 不同测序数据应用与基因组组装|Canu
介绍 Canu专门组装PacBio或Oxford Nanopore序列.Canu分为三个阶段:校正.修整和装配.校正阶段将提高读取中基数的准确性.微调阶段将微调显示为高质量序列的部分的读取,删除可疑区 ...
- oracle euk 什么系统,【T】每日一生信--interproscan安装及使用(终结版)
本博文已整理到新地址:http://qinqianshan.com/interproscan-installation-and-usage/ Interpro是一个数据库,它里面有蛋白功能,蛋白家族等 ...
- 网吧无盘系统服务器安装,网吧网络无盘系统的安装方法
网吧网络无盘系统的安装主要分为两个方面,一个是服务器的安装,一个是客户机的安装. 一.网吧服务器的安装和设置 1.服务器的操作系统为为windowsNT4SP6,分区格式为NTFS6.0. 2.挂盘: ...
- HPC应用软件安装《hmmer》
一.简介 HMMER通常与已构建好的HMM数据集一起使用,例如Pfam以及Interpro收纳的一些数据库.同时HMMER也可以像BLAST一样使用查询序列,对序列数据库(非HMM数据库)进行检索.例 ...
- 网吧无盘系统的安装与使用(转)
一. 系统的安装和设置 1-1.服务器的安装和设置 服务器的操作系统为为windows NT4 SP6,分区格式为NTFS6.0. 1-1-1.挂盘:将系统盘挂到服务器上第一个IDE口的主位置上,游戏 ...
- 安装Bioperl最基本模块Bio::SeqIO
Bioperl就像个大柜子,里面存放各种模块.Bio::SeqIO是Bioperl最基本的模块,本文介绍其在CentOS7-64bit下的安装方法. STEP1:prepare to install ...
- InterProScan安装
InterPro是集成了蛋白质家族.结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库, InterPro数据库成员包括Coils .Gene3D.Pfam.PRINTS.ProSitePatterns. ...
- interproscan安装及详细设置
详细的安装及配置步骤请参见iprscan的文档Installing_InterProScan.txt 1.在安装iprscan之前,你的linux系统需要如下基本组件: PERL,这个常见的linux ...
- linux环境下nacos的安装+启动,阿里云服务器安装nacos
nacos安装+启动(linux环境): 基础:安装java环境 官网下载压缩包:如 nacos-server-1.2.1.tar.gz 放在自定义目录下 # 解压 tar -xvf nacos-se ...
最新文章
- LeetCode中等题之两两交换链表中的节点
- 前四次作业--个人总结
- selenium.common.exceptions.WebDriverException: Message: unknown error: cannot find Chrome binary
- 使用lvs搭建负载均衡集群
- 网页益智游戏怎么制作_休息一下,或者:如何使用Java 12制作出色的益智游戏...
- 计算机应用能力power,全国专业技术人员计算机应用能力考试专用教材——PowerPoint 2003中文演示文稿5日通题库版(双色)(附光盘) - 中国考研网...
- ​insert带来的TiDB集群性能瓶颈排障
- Qt Creator子目录项目-类似VS解决方案
- WPF中radiobutton 的 data binding方法
- Paper Reading:Image-to-Image Translation with Conditional Adversarial Networks
- 【布局优化】基于人工蜂群算法的无线传感器网(WSN)覆盖优化matlab源码
- lua小技巧(二)——lua全局变量的检测
- AlphaGo功成身退了,围棋还将继续
- C51单片机--按键及LED显示
- 关于云计算资源调度的一些思考
- java程序中编写sql语句的单引号、双引号问题
- 输入长方体的长宽高,求其体积
- Java学习 (二) 在MAC终端上运行Java程序
- 电话本管理系统(c++代码)
- 为什么学校计算机没有声音,为什么打开计算机后没有声音