DESeq加载失败后在R中的安装方法
在R中安装DESeq的方法:
生信小白,刚开始学习RNA分析,RStudio里加载不出DESeq包,卡了好几天也解决不了,终于成功安装。
> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
+ install.packages("BiocManager")
>
> BiocManager::install("DESeq")
1.先把R升级在3.6以上版本,建议找网盘资源,官网我下载总是太慢,(我原先的是3.3的版本,3.3版本这种方法没有尝试过。
2.在R中run一下上面这串代码
3.可能会出现问题:
In read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type")) :无法打开压缩文件'annotate/DESCRIPTION',可能是因为'No such file or directory'
这时候一样的把packages里的包改成“annotate”
> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
+ install.packages("BiocManager")
>
> BiocManager::install("annotate")
4.annotate包装好后,再装一次DESeq包就好了。
同理其他包也可以尝试这种安装方法
总结,安装失败的原因可能有:R版本太低,其他依赖包没有安装。
实在不行可以直接先下载DESeq包本地安装,但我没试过…因为太菜没找到这个包的资源…
继续加油吧!
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