ReMap:人类Chip-seq数据大全

2024-05-19 23:38:38

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ReMap收集来自GEO和Encode项目中人的chip_seq数据，对来自不同细胞系，不同类别转录因子的数据进行归类整理，网址如下

http://tagc.univ-mrs.fr/remap/index.php

在该数据库中，提供了两种数据查看的方式，分别以转录因子和细胞类型为中心，以转录因子为中心的结果示意如下

点击每个转录因子，可以查看以下信息

1. 基本信息

包括转录因子的分类，对应的基因和蛋白数据库的链接等信息，示意如下

2. peak分析结果

对于该转录因子相关的数据集，提供了peak结果的下载，基因组浏览器可视化等功能，示意如下

以细胞类型为中心的结果示意如下

除了查看各种转录因子的chip_seq分析结果外，官网还提供了一个注释工具，用于Enrichment分析。上传自己的peak文件，与数据库中已有的转录因子的peak区间进行比较，分析在上传的peak区域中富集了哪些转录因子，用法示意如下

上传BED格式的peak文件即可，在输出结果中，会给出可能富集的转录因子，图示如下

首先计算上传的peak区间与数据库中转录因子的peak区间overlap的个数，同时用随机抽样的方式从上传的peak区间中进行抽样，计算抽样结果与数据库中peak的overlap个数，通过比较实际overlap与随机抽样的overlap个数,计算Evalue值，对应的表格数据如下

通过ReMap, 一方面可以检索和下载转录因子的peak结果文件，另一方面，可以进行转录因子富集分析。

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