ADNI静息态功能核磁共振成像数据预处理总流程共如下八步

1. 下载DICOM格式数据

2. DICOM -> NIFTI格式输出s开头文件

3. 时间层校正Slice Timing 输出as开头文件

4. 头动校正Realignment 输出ras开头文件

5. 归一化Normalize 输出w开头文件

6. 平滑Smooth 输出sw开头文件

7. 配准Co-register reslice

8. 提取ROI

word资源：https://download.csdn.net/download/m0_37852937/19053920

1. 下载DICOM格式数据

登陆地址：http://adni.loni.usc.edu/data-samples/access-data/

输入登录账号及密码->ADNI GO->DOWNLOAD IMAGE Collections->Advanced Search(beta)->确定Research Group: EMCI LCMI AD CN Image Description:Resting State fMRI-> Display in result->csv doenload （注：网页加载很慢）

建议单个下，如果all同时下，会出现断网，网中断，下载失败或文件不全。且不好统计哪些是下载过的。

已知下载好的文件格式解压如下（注：文件必须是6720个dicom，如果少了，说明网络中断导致文件没下载全，需要重新下载。）：

事先在每个subject里存好每个步骤对应路径（可以用程序在每个人对应路径下创建以下文件夹）:

Matlab 配好spm12 环境，输入spm（以下三个窗口都不要随意叉掉，后面要用到）

Dicom import

文件输出选中6720个文件

文件输出保存路径

（如果点错了，想要重选，点击红框以选中路径，文件路径就会消失，重选即可）

选好后点击done:

想要批量处理，可以先直接把第一个没加文件的Module List复制

想要批量处理，可以先直接把第一个Module List 复制

显示处理进度，耗时5分钟

有时候源文件生出结果只有一个文件，这个subject是不可用的，

2. DICOM -> NIFTI格式输出s开头文件

原始的多个dicm文件得到140的nii文件

3. 时间层校正Slice Timing 输出as开头文件

Number pf slice: 48

TR: 3

TA: 3-3/48

Slice order：输入修改参数 1:2:47 2:2:48

Reference Slice：输入47

选择上一步骤的140个文件，设置参数后运行。

4. 头动校正Realignment 输出ras开头文件

输入上一步骤得到的140个文件，没有参数设置，直接运行

运行后会得到如下头动文件，自行记录和判定即可。

得到的中间图查看是否符合规范

5. 归一化Normalize 输出w开头文件

修改Voxel sizes—[改为3 3 3]

6. 平滑Smooth 输出sw开头文件

将默认的[8,8,8],改成[6,6,6]

7. 配准Co-register reslice

选择Coregister（Reslice）

然后点击运行。运行完成后，将得到的rswaf开头的130个新文件。

8. 提取ROI

在matlab里输入dpabi，运行dpabi。在出现的可视化操作界面中，按下图顺序点击按钮

在出现的界面中，点击Add image 添加rswaf开头的187个文件

点击Define ROI 选择AAL atlas，然后点OK

然后点击Output Dir 来修改输出路径，接着点击Extract

运行完成后，在定义的输出路径下有130*7=910个文件

其中ROISignals开头的（130*2个文件）就是需要的fmri时间序列文件，

共包含txt和mat两种格式，两种格式文件所存内容一致，只是文件格式不一样。

ROISignals开头的每个mat文件，储存了1×116的矩阵，表示该时间点下，116个脑区各自的数值。将130个mat文件按顺序组合成130*116的矩阵（可用matlab批处理完成），即是最终的数据矩阵。

AAL模板中前90个为大脑脑区，研究中使用较多。后26个为小脑脑区，研究中使用较少。

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