oligo

常用函数

1 darkColors

功能：提供颜色。

返回值：表示颜色的字符。

darkColors(n)
seqColors(n)
seqColors2(n)
divColors(n)

注意：darkColors是基于RColorBrewer包设计的。

2 fitProbeLevelModel

功能：对FeatureSet拟合robust Probe Level linear Models。

返回值：oligoPLM对象。

fitProbeLevelModel(object, background=TRUE,
normalize=TRUE, target="core", method="plm", verbose=TRUE,
S4=TRUE, ...)

参数	注释
object	FeatureSet对象。
target	描述汇总目标。默认为”core”。可输入”probeset”,”core”(Gene/Exon),”full”(Exon),”extended”(Exon)
verbose	显示进程。默认为TRUE。

注意：由于oligo包读取的文件对象与affy包读取的文件对象不同，因此无法使用affyPLM包中的fitPLM函数拟合探针水平模型。oligo包读取的对象只能使用oligo包中的这个函数拟合探针水平模型。

3 getNetAffx

功能：从注释包中提取NetAffx生物学注释信息。

返回值：AnnotatedDataFrame。

getNetAffx(object, type = "probeset")

参数	注释
object	ExpressionSet。（rma处理的得到的对象）
type	“probeset”或”transcript”。默认为”probe”。取决于汇总的类型。

注意：这个函数只能用于Exon ST和Gene ST芯片。type参数必须与汇总结果相符合。rma算法提供了两种类型的目标。”probeset”(target=”probeset”),”transcript”(target=”core”,”full”,”extended”)

4 image

功能:对每个芯片生成pseudo-image。

返回值：pseudo-image。

## S4 method for signature 'FeatureSet'
image(x, which, transfo=log2, ...)## S4 method for signature 'PLMset'
image(x, which=0,
type=c("weights","resids", "pos.resids","neg.resids","sign.resids"),
use.log=TRUE, add.legend=FALSE, standardize=FALSE,
col=NULL, main, ...)

参数	注释
x	FeatureSet对象。
which	生成图片的芯片的编号。
type	使用的统计数据的类型。”weights”,”resids”, “pos.resids”,”neg.resids”和”sign.resids”。

5 paCalls

功能：对每个探针进行PA判断。

返回值：若method=”DABG” 或 “MAS5”返回矩阵；若method=”PSDABG”，返回p值。

paCalls(object, method, ..., verbose=TRUE)

参数	注释
object	Exon/Gene/Expression-FeatureSet对象
method	处理方法。可选”DABG”,”PSDABG”(Exon/Gene)或”MAS5”(Expression)。

注意：对于 Whole Transcript arrays (Exon/Gene) 来说，可选的method是 “DABG” (p-values for
each probe) 和 “PSDABG” (p-values for each probeset)。对于 Expression arrays 来说，只能选”MAS5”。

6 read.celfiles

功能：读取CEL文件。

返回值：
ExpressionFeatureSet if Expresssion arrays
ExonFeatureSet if Exon arrays
SnpFeatureSet if SNP arrays
TilingFeatureSet if Tiling arrays

read.celfiles(..., filenames, pkgname, phenoData, featureData,
experimentData, protocolData, notes, verbose=TRUE, sampleNames,
rm.mask=FALSE, rm.outliers=FALSE, rm.extra=FALSE, checkType=TRUE)

参数	注释
filenames	读取的CEL文件名

注意：读取CEL文件的时候推荐输入包含路径的文件名(全文件名)。即上一步使用代码list.celfiles(celpath, full.name = T)。无论CEL文件是否被压缩均可读取。

7 list.celfiles

功能：列出目录下文件名中含有”.CEL”或”.cel”的文件名。

返回值：包含文件名的vector。

参数	注释
filenames	读取的CEL文件名
full.name	默认为FALSE。若为TRUE，则显示的文件名包含路径，推荐设定为TRUE。
listGzipped	cel文件是否是被压缩。默认为FALSE。

注意：与affy包中的list.celfiles不同的是，oligo包中的该函数只能列出被压缩的cel文件或是不被压缩的cel文件，不能同时列出。因此需要设定参数listGzipped。

oligo包常用函数相关推荐

arrayQualityMetrics包常用函数
arrayQualityMetrics 常用函数 1 aqm.writereport 功能:使用aqmReportModule生成质量报告. 返回值:质量报告. aqm.writereport(mod ...
golang——strconv包常用函数
1.func ParseBool(str string) (value bool, err error) 返回字符串表示的bool值.它接受1.0.t.f.T.F.true.false.True.Fa ...
R语言效用分析 ( 效能分析、Power analysis)确定样本量、假设检验与两类错误、pwr包进行效用分析 ( 效能分析、Power analysis)的常用函数列表
R语言效用分析 ( 效能分析.Power analysis)确定样本量.假设检验与两类错误.pwr包进行效用分析 ( 效能分析.Power analysis)的常用函数列表目录
golang语言中bytes包的常用函数，Reader和Buffer的使用
bytes中常用函数的使用: package main;import ("bytes""fmt""unicode" )//bytes包中实现 ...
R语言使用psych包进行主成分分析PCA和探索性因子分析EFA的常用函数介绍：principal、fa、fa.parallel、factor.plot、fa.diagram、scree
R语言使用psych包进行主成分分析PCA和探索性因子分析EFA的常用函数介绍:principal.fa.fa.parallel.factor.plot.fa.diagram.scree 目录
重点：机器学习总结之各算法常用包和函数
基本操作常用函数及包预测函数:predict() type="prob"判别该量度的昆虫归类为A.B和C的概率:type="response":判别该量度的昆 ...
PL/SQL -- 动态SQL调用包中函数或过程
动态SQL主要是用于针对不同的条件或查询任务来生成不同的SQL语句.最常用的方法是直接使用EXECUTE IMMEDIATE来执行动态SQL语句字符串或字符串变量.但是对于系统自定义的包或用户自定的包 ...
[转]SQLServer和Oracle，存储过程区别，常用函数对比
本文转自:http://www.cnblogs.com/neru/archive/2011/08/18/2144049.html 以前一直用sqlserver,只有很少的一点oracle的经验,现在要 ...
QT：常用函数详解--常用操作记录（个人笔记）
QT:常用函数详解(个人笔记) PS:一下内容个人笔记,要求自己看懂,随笔,阅读体验会很差很差! Qt setContentsMargins()函数函数原型:void QLayout::setCon ...
【推荐】有趣儿的PHP文件操作常用函数总结
有趣儿的PHP文件操作常用函数总结以下是个人总结的PHP文件操作函数.当然,这只是部分,还有很多,我没有列出来. 一 .解析路径: 1 获得文件名: basename(); 给出一个包含有指向一个文 ...

oligo包常用函数