一段代码——使用rdkit函数生成分子文件的3D构象

可以使用jupyter notebook直接将相同文件夹中的指定二维sdf文件得到3D格式的sdf

产生3D构象前，需要为分子添加H原子。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChemsdf = Chem.SDMolSupplier('输入名称.sdf')#读入
mols = [i for i in sdf if i]SDFfile = Chem.SDWriter('输出名称.sdf') #3D分子
for i,m in enumerate(mols):print(i)mol = AllChem.AddHs(m)AllChem.EmbedMolecule(mol)AllChem.MMFFOptimizeMolecule(mol)SDFfile.write(mol)
SDFfile.close()

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