Tandem Repeats Finder:串联重复序列查找工具
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Tandem Repeats Finder, 简称TRF, 是一款串联重复序列查找工具,repeatmasker 程序中就整合了这个软件,官网如下
https://tandem.bu.edu/trf/trf.html
通过官网的在线服务,可以快速掌握该软件的用法,提供了3种选择,示意图如下,这三种选项的区别在于可调整参数的多少,我们先用默认参数运行看下
点击Basic
链接,跳转到如下页面,上传对应的fasta格式的序列文件,或者在文本框中粘贴对应的序列,然后点击Submit sequence
按钮,进行提交
在跳转链接中,点击下方红色框区域,查看分析的结果
1. 所有序列的结果汇总
在该页面会列出所有检测到了重复序列区域的序列ID, 点击每条序列的名称,会跳转到该序列的详细页面
2. 一条序列上的所有重复区域汇总
在该页面,会以表格的形式,给出一条序列上所有重复序列的汇总情况,点击Table Explanation, 可以查看表头的详细解释;点击第一列的重复区域的ID, 可以跳转到详细页面
3. 重复序列详细页面
在该页面,会给出重复区域的序列信息,示意如下,可以看到,是一段以ACTC
作为motif的重复区域
除了在线服务,也可以下载软件本地运行,下载链接如下
https://tandem.bu.edu/trf/trf.download.html
对于linux服务器,下载完成后建议重命名文件,方便调用,代码如下
chmod +x trf409.linux64
ln -s trf409.linux64 trf
该软件的用法如下
trf /home/xudl/soft/SSRIT/input.fasta 2 7 7 80 10 50 500 -f -d -m
这里我全部采用了默认参数,运行成功后,在当前目录,会生成很多的文件,其中的html文件和官网的结果是一致的,直接查看html文件就可以了。
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