基因序列的保守性分值

phyloP46way_placental: PhyloP预测结果(dbNSFP version3.0)，基于46个哺乳动物物种的多序列比对得到位点的保守性分值，分值越大，位点越保守。该分值考虑的是变异位点的保守性，而非考虑该位点上的碱基，所以无论该位点上是同义突变还是非同义突变，score都相同。该分值用来寻找具有功能重要性的位点，利用这些score值，能够推断出疾病易感性位点
http://www.360doc.cn/mip/966143054.html

python3.8

代码1

with open("C:\\Users\\admin\\Desktop\\wufeizhen\\circularRNA.bed_fasta",'r') as f:length = []for value1 in f.readlines():if value1.find('>') != 0:length.append(len(value1))print (min(length)) #返回最小值print (max(length)) #返回最大值

代码2

with open("C:\\Users\\admin\\Desktop\\wufeizhen\\circularRNA.bed_fasta",'r') as f:length = []circularRNA = []num = 0for value1 in f.readlines():if value1.find('>') != 0:length.append(len(value1))if value1.find('>') == 0:num +=1circularRNA.append(value1[1:17]) #打印的是下标为1到16（不包含17）的元素print (min(length))print (max(length))print (num)print (circularRNA)with open("C:\\Users\\admin\\Desktop\\wufeizhen\\features\\circularRNA.bed_fasta_ORF",'r') as f2:orf = [] for value2 in f2.readlines():if value2.find('hsa') == 0:num +=1orf.append(value2[0:16])print (orf)orf_set = set(orf)
circularRNA_set = set(circularRNA)
a_alone = circularRNA_set - orf_set #计算两个列表集合之间的差集print(len(a_alone)) #计算列表中的元素个数
print(a_alone)

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